所得税の住宅借入金控除申告の手続きについて

質問

昨年は2年目の住宅借入金控除申告だったので、年末調整のときに会社にその申告書と銀行の借入残高証明書を提出したのですが、会社から還付されたのは住宅借入金控除が適用されてない一部の金額(約4000円)だけでした。

1月の給料支給時に源泉徴収票を貰ったのですが、それには源泉徴収税額0円、住宅借入金等特別控除可能額(約10万円)、住宅借入金等特別控除の額(約7万円)が記されていて、会社からは税務署に源泉徴収票を持って行って還付を受けるよう言われました。給与所得のみで、去年支払った所得税は約7.5万円あります。

しかしその頃、市役所から住民税の住宅借入金控除申告の案内が届いてたので、その手続きをすれば税務署からも所得税還付の案内がくると思って源泉徴収票は市役所の方に提出しました。
先日、その控除がなされた住民税の通知書は貰いましたが、税務署からはまだ何の音沙汰もありません。

普通は、2年目以降の手続きは会社が全部やってくれて、還付金も年末調整時に会社から受け取るのではないのでしょうか。それとも、源泉徴収税額0円になっている源泉徴収票だけを税務署にもっていけば、今でも手続きはできるのでしょうか。

ちなみに源泉徴収票はコピーしてとってあるのですが、市役所に提出した原本もコピー用紙みたいなものにコピーされたような様式でした。
それは再発行してもらったほうが良いでしょうか。

回答No.2

会計の人（@ichizoo）

補足の続き。

源泉徴収票は、会社が作成します。
従業員へ還付する場合は、いったん会社が立替えて従業員へ支払います。
その後、会社が税務署へ還付申告をするか、次回の源泉税納付の時にその分を差し引きして、税務署へ納付します。

いずれにしても、税務署へ行ったほうがよいでしょう。
　・住宅取得控除の書類
　・源泉徴収票
　・印鑑
　をもっていくと、税務署職員に教えてもらいながら、その場で申告書を書くことができます。

お礼

アドバイスありがとうございます。

とりあえず先に、経理の担当の者に話をして自分で改めて手続きする必要があるなら、年末調整前に提出した住宅借入金控除関係の書類を返してもらいます。
そして、住宅借入金控除を計算していない源泉徴収票を再発行してもらう必要がありますよね。

回答No.1

会計の人（@ichizoo）

すみませんが、ちょっと質問が矛盾しています。

1.年末調整還付額4千円だった。
2.源泉徴収票の源泉徴収税額0円と記載されていた。
3.源泉徴収票に住宅特別控除額が記載されている。
4.会社から税務署に行って還付を受けるように言われた
5.住宅取得控除の計算を年末調整でしなかった。

矛盾しているので、すみませんが推測です。
まず、会社経理が年末調整を理解していません。
そして、そもそも所得税においては、住宅取得控除をしなくても所得税が0円だった可能性があります。でも、会社経理の方が税務署へ行って住宅取得控除？？？
ただし、税源移譲による税制改正により、住民税が減額されますので市町村への申告したことはOK

基本は、2年目以降は会社側の年末調整で住宅取得控除する。
住民税の税源移譲にともなう申告は、自分が市役所に申告。ですべてが終了です。

お礼

回答ありがとうございます

補足

矛盾してるように見えますが、事実、そのような状態です。

会社の経理が年末調整というか、住宅借入金控除を理解できてない可能性がありますね。持ち家率の低い会社ですから…(笑)
一年目と勘違いされたのか、それにしては源泉徴収票の上では処理されてるし…

そもそも、源泉徴収票って税務署？それとも会社が作成するのでしょうか。年末調整の還付金って、税務署から会社に一旦支払われてるんですよね。それなら経理のミスなのでしょうか。

私の勘違いのせいで、気づくのが今頃になってしまいましたが、とにかくもう一度経理の方に聞いてみます。

それとも先に税務署に問い合わせた方がいいでしょうか。