・推定無罪の原則が守られていない。
これは他の方が指摘していることです。
それ以外にも、
・証拠裁判主義の原則が守られていない。
だから自白の強要が行われてしまうのです。
・被告人の防禦権の不徹底
これは、裁判において検察側が不利になる（つまり被告が有利）になる証拠をなかなか開示しないということに端的に現れています先進国の裁判では通常、すべての証拠を開示することが原則です。
また裁判にいたる前の段階で、代用監獄問題（警察の留置所を拘置所の変わりに使用し、そのため警察の取調べが随時できること）で弁護士などの接見が制限されることなどがあり、そもそも逮捕・拘留されてからの被告（容疑者）の防禦権が日本の刑事訴訟ではきちんと担保されていません。
・罪刑法定主義が守られていない。
推定無罪の原則と防禦権の問題と一緒に考えるとわかりやすいのですが、日本の刑事裁判では黙秘したり否認したりした被告により重い刑罰を科す傾向にあります。
これは、一見当たり前のようですが、同じ罪を犯したときに、防禦権を利用して裁判で黙秘したり非協力的な態度の時と協力的な態度の時に量刑がちがうのであれば、怖くて防禦権を利用できません。
もちろん、罪を認め反省をしている被告に対しては情状酌量も必要でしょうが、否認などの場合に重くしていいということにはなりません。
同じ罪の場合は、同じ量刑が必要なのです。
