3´側の配列を知るには

質問

poly(A)のないRNAウイルスの3´側の末端の配列を見るにはどうしたらよいのでしょうか？未知の場合、どうするのかと疑問に思いました。

回答No.1

cilantro · ベストアンサー

もっと効果的な方法があるのかもしれませんが、私が思いつくのはこのような感じです。

RNAにpoly(A)を付加する酵素やキットが販売されていますので、それでpoly(A)tailを付けてから、oligo dTプライマーで逆転写→3'-RACEを行えばよいのではないでしょうか？

3'側のみの質問ですのでおそらくRACEについては説明不要と思い、割愛いたしますが、詳細はMolecular Cloning等の一般的な教科書に載っています。

お礼

ありがとうございます。
キットがあることを知らず、今調べてみました。
もしかして、cap構造も付加できるキットがあるのでしょうか。
知識がなく、末端の配列を知るにはどうしたらよいのか途方にくれていました。

回答No.2

cilantro

capを付加するキットは聞いたことがありませんが、5'末端の配列は原理的には5'-RACEで全長解読可能なので、末端配列解析の目的では不要でしょうね。

RACEに関しても各社からキットが販売されており、メーカーによっていろいろと工夫があります。
カタログやメーカーホームページで一度詳細をご覧になるとよくわかるかもしれません。

検索すれば、参考URLのものを含め、色々なプロトコルが見つかると思います。

参考URL：

http://www.natureasia.com/japan/naturemethods/poll/0509/index.php

お礼

早速見ました。
キットは便利ですが高いのですね・・・

お礼遅くなりましたが、ありがとうございました！