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3´側の配列を知るには

poly(A)のないRNAウイルスの3´側の末端の配列を見るにはどうしたらよいのでしょうか?未知の場合、どうするのかと疑問に思いました。

質問者が選んだベストアンサー

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  • cilantro
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回答No.1

もっと効果的な方法があるのかもしれませんが、私が思いつくのはこのような感じです。 RNAにpoly(A)を付加する酵素やキットが販売されていますので、それでpoly(A)tailを付けてから、oligo dTプライマーで逆転写→3'-RACEを行えばよいのではないでしょうか? 3'側のみの質問ですのでおそらくRACEについては説明不要と思い、割愛いたしますが、詳細はMolecular Cloning等の一般的な教科書に載っています。

taro-y
質問者

お礼

ありがとうございます。 キットがあることを知らず、今調べてみました。 もしかして、cap構造も付加できるキットがあるのでしょうか。 知識がなく、末端の配列を知るにはどうしたらよいのか途方にくれていました。

その他の回答 (1)

  • cilantro
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回答No.2

capを付加するキットは聞いたことがありませんが、5'末端の配列は原理的には5'-RACEで全長解読可能なので、末端配列解析の目的では不要でしょうね。 RACEに関しても各社からキットが販売されており、メーカーによっていろいろと工夫があります。 カタログやメーカーホームページで一度詳細をご覧になるとよくわかるかもしれません。 検索すれば、参考URLのものを含め、色々なプロトコルが見つかると思います。

参考URL:
http://www.natureasia.com/japan/naturemethods/poll/0509/index.php
taro-y
質問者

お礼

早速見ました。 キットは便利ですが高いのですね・・・ お礼遅くなりましたが、ありがとうございました!

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