実験データの考え方についてNo.1、No.2の方が述べられておられるところですが、より詳しく知ろうと思われるのでしたら、化学あるいは物理の実験書などを勉強されればデータ処理の記述があると思います。
もし実験者がはじめからゼロ点のずれた測定器を使えば、得られる測定値は偶然によるばらつき(偶然誤差)のほかに、ゼロ点のずれによる一定の下駄をはくことになります。この手の誤差を系統誤差といいます。No.2の方のおっしゃるように相対誤差ということばで何を知りたいのかが問題です。自分のデータの正しさはさておき、繰り返しの精度を知りたいのでしたら、データの平均値を使って不変分散の平方根(=(Σ(xi-μ)^2/(n-1))^(1/2))をとって、これをμで割って100かければ、分子量の測定値のばらつきのσ(標準偏差)が測定分子量平均に対して何%程度か知ることができます。(ここでμは測定の平均値)
もし相対誤差が、十分に信頼できる数字(真値)に対して何%ずれているのかを意味するならば、実験の平均値から文献値を引いて文献値で割って100をかければ数字はでます。この値には実験者の平均値のばらつき(n回の実験を何回も繰り返すとそのたびに平均値が動く)と実験の系統誤差の効果が入ってくるはずです。