質問の項目からフィットネスを目的としたジョギングで宜しいのでしょうか?
だとしたら朝起きた直後がもっとも効果的です。
起きた直後というのはカタボリック状態(成長ホルモンが一日の内で最も低い状態)にありますので、この状態での有酸素運動が最も体脂肪減少に効果的であると言えます。
その上、運動後に食事を摂取することにより脂肪を蓄えにくくする体質を維持できます。
※この方法は直接的なカロリー消費量や脂肪燃焼量はそれ程でも有りませんが、ホルモンの影響により結果的に脂肪を燃焼し太りにくくさせるという体質改善の効果があります。
まず朝起きたらスポーツ飲料など単糖類を含んだ飲み物を少量(100mlくらい)摂取し脳の活性化と代謝のわずかな上昇を狙います。
そして全身を十分にほぐした後、走ると良いでしょう。
しんどい、とのことですがダイエットが目的であれば「なるべく速く長距離を」と意気込む必要はありません。
適度な運動が最も効果的ですので無理をしない様に気をつけてください。