『X線回折』&『複素数』で検索なさって、めぼしい結果が得られなかったと思いますが、仕方が無い事だと思います。
私は、自然現象の『時系列』(例えば気温の変化をグラフ化したものを考えてください)の性質を調べる事もやっていますが、そこでも『複素数』が出てきます。『時系列のスペクトル解析』ってやつです。
あなたの年齢や背景が不明なので、次のような答えを受け入れる素地があるかどうか自信が無いのですが、『複素数』は、あくまでも『計算の過程において必要な道具』にすぎません。振幅が複素数の形で表されるのがなぜか、で悩むのは、子供が『おとぎ話』が本当にあったことかどうかで悩むのに似ています。
おとぎ話は、子供の成長に必要なものの一つですが、多くのものが本当にあったことではありません。状態や情報の複素数表現もそれに似ています。本当にあったことではないけれど『役に立つ』のです。
こういったお話は、偉い先生方は心得ている方が多いのですが、あまり表立ってはお話になりません。そこまで話してしまうと、学生が『何が本当か』を見抜く力を自ら育てるチャンスを奪ってしまうからです。
無論、数学的な解説はありますが、それがあなたの求めている答えではないでしょう。そういった数学的な応えは『教科書』にうんざりするくらい載っているものですヨ。
tosiyuki_31
追伸:超大先生方、学生(?)に対するこうした私の『いきすぎ』を、お見逃しください。特に統計数理研究所の『佐*』先生など……。