まず、この質問は既出です。きちんと過去の質問と回答を確認してから質問したほうが良いですよ。
で、回答ですが、程度の問題はあるものの、通常は雨が降ってもコンクリートの打設は途中で止めません。
どれ位の時間中断したのかが質問の文面からはわかりませんが、コンクリート打設からおおむね1時間程度で凝結が始まり、凝結開始後に振動を加えたりすると強度上の問題が発生する場合があります。（特に夏場ですから凝結開始が幾分早まります。また、シートをかぶせると保温されて硬化が促進されます。）
また、雷雨に見舞われて急いで中断したとすると、コンクリートの上面は鏝均しもされていないと思いますが、コンクリートを打設を再開した際に、打ち継ぎ面のノロの除去とかしたのでしょうか？もしされていなければ、その部分がコールドジョイントとなり脆弱な部分となる恐れがあります。
一般に、型枠内に水が溜まっていても、そこに流し込まれるコンクリートの比重の方が圧倒的に大きいので、溜まった水をコンクリートが押しのけて排出されます。
(コンクリ打ちの前に型枠内の洗浄やりませんでしたか？そういう水とかが若干残ってたりしませんでしたか？)
いくらかの水が型枠内に入るのは基礎躯体の品質にはほとんど影響を与えませんが、コンクリート打ちを中断したほうが基礎の品質への影響は大きいと思います。
まあ、中断時間の程度問題ですがね。中断時間が2,30分程度でしたらあまり目くじら立てるほどではないかもしれませんね。
（コンクリ打ちを途中で止めるような施工者は今一ですね。止めるなら止めるで適切な処置が必要になりますよ。もしかしたら、中断していいかどうか施工者から聞かれた時にご質問者様がいいよとかって答えていませんか？だとしたらあまり施工者を責めることは出来ませんね。）
