＃３です。
質問の回答がずれてましたね。
道路交通法からの観点で言いますと役所で行なうナンバーの変更は税制区分の変更をするための手続きです。
道路を走っているナンバーはあくまでも税金区分を証明するプレートであって、形式認定（ココでは便宜上１種、２種とします）を表すプレートではありません。
道路交通法では形式認定を取った（定めた）車両しか走れません。
形式認定の変更は陸運支局もしくは陸運局でしか変更できません。
１種でボアアップした車体の黄色ナンバーはあくまでも二種の税金区分を支払っている証明書を付けた車体であり道路交通法上では１種のままです。
当然、２種で黄色ナンバーは形式認定が国土交通省で定められる２種で登録されていますので道路交通法上では２種でナンバーも２種の税金区分を収めているプレートをつけている必要があります。
質問者さんが役所で二種変更していれば、道路交通法上では１種のままです。
お礼
すみません。同じ質問者です。法令上の疑問が浮上したためこちらに質問させていただきました。