サツマイモとジャガイモを同じ「芋」というような人為的な分類をした場合は、似たような種のようですが、実際は仲間が大きく違います。
両者は進化の道筋が違うのでしょう。蓄える場所が違うのはそれが理由ではないでしょうか。ある植物が進化してできたとき、たまたま蓄えやすい場所が異なっていたのでしょう。
ジャガイモは確かトマトとかの仲間、サツマイモは確かヒルガオの仲間だった気がします。
トマトは茎に養分をあまりためないですし、ヒルガオも根に養分をあまりためないと思うのです。しかし養分をためる場所はグループごと（近い仲間ごと）に一定の傾向がある気がします。
サツマイモとジャガイモは別のグループの芋同士ですが、その体のつくり（設計図）が栄養分をためる場所を決めているのかもしれません。
アサガオやヒルガオを変異させた場合では茎より根に栄養をためるものが出やすいでしょうし、トマトの場合変異させたら根より茎のほうに栄養をためるものが出やすいのでしょう。。。
いい説明になってなくてすいません
