> 神棚を上段、その下に仏壇を設置して、仏壇の方で香炉を設けての先祖供養をする
> という作法をしている宗派は
必ず仏壇と神棚の両方を設置して･･･ 両方拝め、という作法の宗派ですか？
だったらナイと思います。
神仏混交で、神社境内にお寺があったり、お寺の境内に鳥居があったりで、神だか仏だか分からない状態になっていますが、建前として仏教と神道は別な宗教です。
神道として神様は一番上であるべきだと言い、家に二階がある場合は、わざわざ神棚の上の１階天井に「雲」などと書いた紙を貼って神棚が最上位で上にはなにもない・誰もいない、ということにしたりしています。
また、神仏混淆は、仏が教化のために形を変えて日本に現れたのが神だとする考え方に始まりましたので、仏教が主で神道が従でした。
だから、仏教においてミニチュアとはいえ、主たる仏の住む家（仏壇）の上に、従たる存在の神棚を置くのは好ない（拒否する）と思います。
ゆえに、お尋ねのような作法をさせる宗派はないものと考える次第です。
もっとも、最近は教祖様が、解脱して輪廻転生の輪から外れたはずの釈迦の生まれ変わりを自称する（お釈迦様は解脱していなかった説の）ような新興の仏教系宗教もあるようです。
なんでもアリみたいなので、新興宗教までは言及できません。
ちなみに我が家は浄土真宗大谷派の門徒で、同時に地元神社の氏子です。なので大谷派式の仏壇（中央に阿弥陀如来の掛け軸）と何枚かの御札（中央は天照大御神）が入った神棚があります。隣り合っていますが、それぞれ別な部屋にあります。
浄土真宗のお寺に言われたからそうしているわけではありません。毎月お経をあげに来る御院主様は神棚前スルーです。立ち止まりもしません。
お礼
ご回答ありがとうございます！うちは神道なのですが、神棚を上に、その下に仏壇があってご先祖様の位牌やお花がありますので、そのような形式はアリなのかと思っておりました。その家ごとではそのあたりが自由でokでも、併設を教義に記している宗教・宗派はないとのことですね、参考になりました。