社会保険労務士の楚山です。
ご質問の内容から察するに、受給しようとされている助成金は「両立支援等助成金」のいずれかのコースとお見受けしますが、よろしいでしょうか。
いずれにせよ受給の上で規則・協定・周知の前後関係について明確な定めはありません（受給のための前提条件であって、期間が問題になるのはそれらをふまえて実施する各種の取り組みの方です）が、通常は規則への定め（＋所轄労基への変更届出）と協定の締結を同時に行い→その後速やかに従業員に周知する、という流れですので、その前後関係はふまえるべきでしょう。
ちなみにご存知かとは思いますが、育児介護休業法は平成２９年１月１日付で改正がありますので、現実的には改正事項についてもついでに反映させてしまうのがよろしいかと思います。
ただし、こと助成金については各事業場の管轄労働局によって社労士でも与り知らないような細かいローカルルールが往々にしてあるので、最終的には当局へ照会されたほうが確実です（今回ご質問の件については問題なかろうと思われますし、顧問の社労士経由で照会してもよいでしょう）。
ご参考になれば幸甚です。
楚山 和司（@k_soyama） プロフィール
OKWAVE Professionalをご利用のみなさま、はじめまして。
社会保険労務士・保育士・キャリアコンサルタントの楚山 和司（そやま かずし）です。
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お礼
お忙しい中、夜分に迅速な回答をいただき有難う御座いました。 大変、参考になりました。
補足
有難う御座いました。年末で、祭日も重なってしまったので、期限がギリギリなのに当局への質問もままならず、大変困っておりました。 迅速なご回答をいただき、心より御礼申し上げます。