No.２です。
銀行が３行で出資して持ち株会社を作ったのではなく、
３行が経営統合（ある種の合併のようなもの）を行うにあたって、持ち株会社が親会社となって３行に出資するという形にしたわけですね。
経営統合をした３行のうちの１行が経営破たんした場合、残りの２行と親会社である持ち株会社が、破たんした１行に対してとる手段としては、
１）２行と持ち株会社が、場合によってはそれ以外の企業も協力して、破たんした１行に対して出資を行い、破たんした１行を再生させる。
この場合、預金は守られる可能性が高いが、破たんした１行の財務状況等によっては、ペイオフとなる場合もあり得る。
２）上記のように出資を行うが、出資規模を少なくして、破たんした１行を規模を縮小して存続させる。この場合預金は、財務状況によるが、ぺイオフされる可能性が高い。
３）２行と持ち株会社が破たんした１行を切り捨てることで、残りの部分に影響が及ばないようにする。
この場合、破たんした１行の預金は保護されない。
上記の３つのどの方策をとるのかは、財務状況や経済情勢などによります。
法律等により、こうすべきだというような規定はありません。
持ち株会社による経営統合は、合併「のようなもの」であって「合併」ではありません。法的には別の会社なので、Ａ行が破たんしたからと言ってＢ行やＣ行がＡ行を助けるべき法的義務はありません。とは言え、グループ企業の１部が破綻すれば全体の株価の下落や信用の喪失などを生じるので、通常は助けようとしますが、状況によっては切り捨てることもあり得ます。
そのときの状況によるので、一般論として破綻したＡ行の預金がどうなるか、ということは言えません。
補足
具体的な例を挙げると ふくおかフィナンシャルグループという金融持株会社がありますが これは福岡銀行、親和銀行、熊本銀行、3行の金融持株会社ですよね。 このうち熊本銀行が経営破綻したとして、熊本銀行を救済(預金者保護や出資先の保護など)するために 他の2行が何かしたりすることはありえないんでしょうか?