基本的には列車でしょう。
たいていの出征兵は列車移動でしたし、、（運賃は軍の移動という事で命令書等があればタダなはず）
原則的には、移動命令が文書で出、それにはいついつまでに○○基地へ出頭せよ。としかありません。
自分で勝手に行け、という事です。行かなければ脱走兵扱いされますから、行かないわけにもいきません。
部隊全体で移動する場合は、学校の遠足のようにゾロゾロ集団移動する事になるでしょう。
飛行機の移動はほとんど有り得ないです。
45年にはガソリンの1滴は血の1滴が事実そのものでしたから、たかが兵の移動ごときに血を流したりはしません。
飛行機でしか移動できない場所のみでしょう（そして、制空権は無くなっていましたからほとんど撃墜されてましたね）
トラックもかなり少ないでしょう。前述のようにガソリンが無いので、余分なトラックを動かす事ができません。歩きが当たり前。（戦前、戦中は個人の自家用車などほとんど皆無です。ちょっと郊外ならバスも無い。普通の人は20でも30キロでも歩くのが当たり前）
船もあまりないですが、時には船しか不可能な場合はあるのでそれはあったようです。
父は、空母撃沈のあと、情報管制のために瀬戸内海の小島に軟禁されましたがもちろん船（駆逐艦だったそうですが）で運ばれました。（救助されたほぼ全員、救助されたまま上陸する事無く。まあ、情報を漏らさないためには上陸させるわけにもいかないでしょうけど）
お礼
お世話になりました。お父様も空母に乗艦なさったのですね。 貴重なお話ありがとうございました。