税理士以前に、会社の側に問題があると思います。
特別な技能をお持ちの事業主であるならいざ知らず、母親への支払いを外注費で処理するということ自体異常な処理ですが、そもそも母親に支払っていることを税理士は知っていたのでしょうか。出納は会社がすることであってもともと税理士は関係ありませんし、仕訳の質問をしてくるということは記帳も会社でしているということでしょう。でしたら税理士がミスをしたのではなく、会社が税理士にも黙ってそんな計上をしたことによる問題だと思います。
税理士は基本的に、会社が処理したところに従って、専門知識が必要な決算書・申告書を作成するのが仕事です。租税公課や交際費などの会計と税務で取り扱いの異なるところはチェックしますが、調査が仕事ではないので、逐一全部の支払先などをチェックするわけではありません。監査業務まで依頼すればチェックしますが、それは決算・申告とは別料金であり日数もかかります。
仮に税理士が知っていてそのままにしていたのなら、独断でそんな処理をするわけはないので（税務署から指摘されるのは目に見えている）、社長からそうするよう依頼された可能性が高いでしょう。
ただ、いったい何のために支払っていたのか、疑問は残りますね。実際に何かの仕事（外注なら売上に直結する作業のはず）をしていたのではなく、お小遣いとして支払っていたのでは？と思いますが、その場合、社長がポケットマネーで支払うべきであり、社長の給与と認定される可能性のほうが高いと思います。母親の報酬認定で決着したというのであれば、税理士が頑張った結果ではないかと思います。
母親の役員報酬として源泉徴収もれと認定されたのであれば、納税時に、
・本税分
未収入金（母親の名・源泉追徴課税分）／現金預金
・加算税・延滞税
租税公課（源泉追徴課税分加算税延滞税）／現金預金
とします。（）の中は摘要です。
未収入金は会社は負担せず、母親に負担させます。今後支払う役員報酬から天引きすればいいでしょう。会社が負担する場合、新たな給与（役員賞与）の支払いとなり、源泉所得税もさらにかかるし、損金不算入で法人税の対象にもなります。
補足
ご回答ありがとうございます。 多分、1の会社が源泉徴収漏れをしていた結果だと思います。 今の社長のお母様に支払っていた内容がなぜか外注費として処理していたため、税務調査により役員報酬の認定に至り、さかのぼっての源泉税が発生したのだと思います。 今は、登記変更し、役員にして役員報酬として通常のやり方に直しました。 ちなみに税理士さんはいらっしゃいます(^^;) なので、どうしてこういう処理をしていたのか疑問で、個人的にあまり信頼がおけなくなってしまいました。すみません、、、余談でした。(^^;)