フルオレセイン、FAMはそれぞれ何を指すの？グレンのモノマーについて。

質問

こんにちは。
フルオレセインをDNAに導入して蛍光ラベルとして使っているのですが、モノマーの名称について整理できず質問させていただきました。

１．FAMが何を指しているのか。
２．6-FAMといったときの6位がどうしてそこなのか。

の二点が主な疑問点です。とくに１について混乱しています。

グレンリサーチのフルオレセイン標識用モノマーの説明を見ると
「……フルオレセインCPGは、従来より3’末端にフルオレセイン標識を導入する際に使われてきました。 類似構造を持つ6-FAMを使用した3’-(6-フルオレセイン)CPGも、お求め頂けます。 更に、6-カルボキシフルオレセイン(6-FAM)の誘導体である3’-(6-FAM)CPG……」
といった文言がありますが、6-フルオレセインと6-FAMの使い分けがどうなっているのかがいまいち分かりません。普通は5-と6-のミクスチャーになると聞いたのですが、一方のみを作ろうとした場合の出発物質に関わっているのでしょうか？
会話では「FAMでラベルして～」とかいった具合に使っていますが、本当にFAMと言ってよいのはどこまでなのでしょう？きちっとした答えが周りで得られないのでここで質問させていただきます。

番号付けについてはFAM誘導体のHEXやTETを見る限りスピロ環として命名しているのかな、と見えるのですが、この辺りについても解説いただけると助かります。命名はややこしいので半ばあきらめてはいるのですが…。

知識レベルとしては大学で有機化学を学んだ程度です。
よろしくお願い致します。

回答No.3

owata-www

蛇足ですが
説明を読んだところ
3'-フルオレセイン CPG
も蛍光物質部分の構造は違いません（６と書いてありませんが）

リンカーとの結合がアミド結合かチオウレア結合の違いだけのようです

お礼

追加の回答ありがとうございます。

結局のところ
・１．FAMが何を指しているのか。
・「会話では「FAMでラベルして～」とかいった具合に使っていますが、本当にFAMと言ってよいのはどこまでなのでしょう？」
の答えとしては、

商品名がフルオレセインであるかFAMであるかに関わらず、Fluoresceinの水素の一つをカルボキシル基で置換したもの、ならびにそれを活性エステル化したものとアミノ基を脱水縮合させたアミドはFAMと呼んでよいということなんでしょうかね。後者はFAMを導入した～というのが正確なところでしょうか。フルオレセインと呼んでも間違いではないでしょうが。

従来のFluoresceinの水素の一つをイソチオシアネート基で置換したFITCと差別化するための呼称がFAMで、FITCとアミノ基とをつなげたものは全てフルオレセインを導入した～と呼ぶのが正しいところでしょうか。

Googleで検索してもだいぶ上に出てくるようになってるんで、専門家が発見して書き込んでくれることに期待してもう少し締め切らないで置いておこうと思います。

owata-wwwさん、ありがとうございました。

回答No.2

owata-www

＃１ですが、今まで自分は誤った認識をしていたみたいですね お恥ずかしい (汗

ちょっと調べたんですが
5と6は仰るとおり、置換基（カルボキシル基）の位置です（もちろん真ん中下のベンゼン環の）

で、ＦＡＭの定義の方は私が言ったのはＦＩＴＣとＦＡＭの違いです。つまり、ジチオイソシアネートで結合したのはＦＡＭとは呼びません。

で、3'-フルオレセイン CPG 3'(6-フルオレセイン) CPG　3’-(6-FAM) CPG
の構造をごらんになればわかりますが、変わるのはリンカー部分だけです。つまり、特に構造に違いはないと　単に商品名の区別のためだけのようです

回答No.1

owata-www

＞１．FAMが何を指しているのか。
6-FAM：6-CarboxyFluorescein-Aminohexyl
であり、Flouresceinがアミド結合しているものがFAMです

-(NH)-C=0-(NH)-結合になっているのがフルオレセインです。
http://www.ntsbio.com/GlenRes/index.html?/GlenRes/Catalog/contents.html
http://www.ntsbio.com/GlenRes/index.html?/GlenRes/Catalog/contents.html

5-、6-の違いはアミドからのリンカーの長さの違いです

補足

さっそくの回答ありがとうございます。
ただ未だすっきりしないので補足させていただきます。

タカラバイオの製品説明や示されている構造式からも（5/6-carboxyfluorescein succinimidyl esterを5/6-FAM SEと略しているなど）
http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.asp?
catcd=B1000434&subcatcd=B1000438&unitid=U100006126

6-FAM = 6-carboxyfluorescein
であり、5と6が位置番号であることは間違いないのではないでしょうか？

他社でもAminohexylまでをFAMの定義に加えているところは見つけられませんでした。また、例えばジーンワールド株式会社(http://www.geneworld.co.jp）では5，6-FAM アミダイド，混合異性体などが売られており、5や6はリンカー長ではなく異性体を示していることは明らかです。

さらに、末端にアミノ基を伸ばしFITCとの反応でラベルしていた昔のオリゴにあわせチオウレア結合でフルオレセインを繋げたモノマー以外はアミド結合でつながれており、FAMを定義付けるのにアミド結合は意味を持たないのではないかと。

5’-フルオレセインホスホアミダイド (6-FAM)
3’-(6-フルオレセイン) CPG
3’-(6-FAM) CPG

という商品がありますが（グレン）、なぜ真ん中のものはFAMを謳っていないのか、というのが最も疑問な部分です。