株式を持つと株主総会の議決権が与えられるなど、会社を支配する権利が与えられます。
ところで、株式会社といっても、大企業で上場しているような会社から、小さくて株式会社だけど家族経営のような会社など幅広い種類の会社があります。
そして、小さな家族経営のような会社は、もちろん外部の関係ない人に会社の支配権を握られるような事は望んでいないはずです。そのような会社の株式の譲渡を安易に認めてしまうと、外から関係ない人が株式を得て議決権を持ってしまう事になります。小さな会社は会社をのっとられてしまう危険性すらありますね。
ですからそうならないように、株式会社に株式の譲渡を制限する=公開会社でない会社というパターンを置いたのです。
ただし、譲渡制限会社でも完全に譲渡を禁止できるわけではありませんので、詳しくは♯1さんの言うように、会社法の本を読んでみてください(笑)。