青白選択のように

質問

ライゲーションでインサートが入っているかどうかを
コロニーの色などで判断することはできるのですか？
先輩が「コロニーの色や大きさや光の通り具合でインサート入りだと分かる勘がで分かる」といっていましたが、
インサート入りのコロニーは特徴があるのですか？

目で見て分かる訳はないと思うのですが。

青白選択というものはありますが。

回答No.2

Dr_Hyper

うん十年も昔から、このようなことをおっしゃる諸先輩がたはいらっしゃって、実際に根拠があるかと言えば？？？は多いものです。
実際にコロニーをつついた後、どのクローンがどの大きさでどのような光具合だったのかちゃんと記述して統計をとっていての先輩がいままでどのくらいいたのでしょうか？　ちょと疑問ですよね。たかだか10クローンで3つあたったのはすべて同じ”ような”コロニーだった。は信じていいのでしょうか？
これだと思ったコロニーが３つともあたりだったのは、それらが全体の中で２番目に大きいコロニーにカテゴライズされるものたちで、光沢が他のにくらべてやや劣るものを選んだからだ。一件非常によく観察して説得力もあるようですが、実際にプレートのすべてのコロニーをつついて調べた訳は無く、２番目に大きいと言われてもあくまでも見た目。非常に疑わしいものです。むしろその先輩のカンの方が信用できるかもしれません。　
ただ、insertが大腸菌にとって毒性の強いもの場合または、増殖を促進するような場合は別です。理論的にはインサートが読まれてしまうことは無いと思われがちですが、やはり環状のplasmidだけあってリークすることはしばしばあります。そのinsertが生物種がまったく異なっていてもたまたま増殖を選択的に妨げるのであれば、結果としてですが小さなコロニーがあたりとなります。私もそのような経験が無い訳ではなく、あきらかにポピュレーションが二つしかないなあ。ということに遭遇することもあります。このような場合片方のコロニーの集団でinsertが入っているという場合があります。つまり否定的な私もコロニーの大きさでinsertの有無がわからない訳ではないとは言えないことも無いですが。お答えになりますでしょうか。

お礼

恐らく根拠はないと思います。
経験的なものだと思います。
毒性のあるインサートではコロニーは小さい傾向があるんですね。
参考になりました。

大腸菌に毒性、増殖を阻害するものとはどのようなDNAなんですか？
PCRで増やしたタグなどを付けて加工したcDNAとかはどうなんでしょうか？天然ではないものなのですが。

補足

青白選択以外にコロニーに色が付く方法はないんでしょうか？
青白選択でも確実に当たりということではないので
一応調べないといけないですが。

回答No.1

MIYD

インサートサイズが大きいと、
プラスミドの複製にエネルギーか栄養？が使われるために、
大腸菌の分裂が遅れ、コロニーが小さくなる場合があります。

サイズが違うコロニーがある場合に、大き目のコロニーと小さ目のものを選んでミニプレップするのはよくやります。

色や光の通り具合についても、
大腸菌量が変わる場合には変わって見えるかもしれません。

お礼

基本的には分からないということですね。
＞＞サイズが違うコロニーがある場合に、大き目のコロニーと小さ目のものを選んでミニプレップするのはよくやります。
参考になりました。こんどやってみたいと思います。

＞インサートサイズが大きいと、
プラスミドの複製にエネルギーか栄養？が使われるために、
大腸菌の分裂が遅れ、コロニーが小さくなる場合があります。
長く培養するとコロニー大きくなりますか？
爪楊枝で突きにくいのですが。
あまり長く培養するとサテライトが出てきますが。
インサートはどれくらいから大きいといえるのでしょうか？