こんにちは。
業務委託と言うのは、その会社に個人事業主として所属すると言うことです。
税金の申請というか、納税については毎年自身で税務署に確定申告する必要があります。
報酬からどの程度税金が引かれるか？ですが、その会社に納税義務がありませんので報酬は全額払われるはずです。その上で前述の確定申告の必要が出てきます。
個人事業主ですから健康保険は国保に変わり、厚生年金ではなく国民年金を自ら納める必要があります。（奥さんが第三号被保険者だった場合同じく１号被保険者になるので２人分の国民年金保険料を納める必要があります。）
会社側が正社員から業務委託に何故変えたいかと言えば人件費の削減の為です。
労災保険、雇用保険、厚生年金、健康保険これらの負担が無くなるばかりか、業務委託先に当然退職金の支払もありません。
一見額面上は受け取りが増える場合が多いですが、厚生年金が国民年金になれば将来の年金給付が減るばかりか、今ぽっくり逝った場合の遺族厚生年金や障害時の障害厚生年金も無くなる可能性があります。
労使折半の年金や保険が全額自分負担とも言えるので、目に見えない効果の部分もよく検討してみてください。
なお、個人事業主ですから白色申告で自動的に収入の２～３割位は経費に認められるはずなので、経費をいかに作るかで節税にはなります。
節税効果の他、自己負担の増加を補える報酬であれば選択の余地はあるかと思います。
