木造２階建て程度、で普通の規模の住宅なら、構造計算書は不要です。
（建築基準法２０条）
具体的にははり間方向及びけた行方向にそれぞれ壁をバランスよく配置し、壁量の
確保がされていればよいということです。
平成１２年からはその具体的基準がしめされています。（基準法施行令45、Ｈ12建設省告示1352）
木造３階建てになると、限界耐力計算（建築基準法施行令82の6）
あるいは、簡単な構造計算が必要になります。
手順は、複雑ですが大雑把に書くと平面図に基づき耐力壁配置計画
建築基準法施行例４６条による壁量計算
水平力（地震・風）の計算、床の構造種別に応じて壁の耐力確認をします。
ですから、二階建ての一般の住宅なら、耐力壁が上記基準の範囲に入って
いれば役所の確認は通るということです。
もっと心配なのは施工ですね。木造は現場監理を施工業者自らの自主管理に
なりがちなので手抜きやミスを見つけにくいですね。
そういう意味から品確法などできましたけど、設計品質・施工品質保証して
もらう程度のことでは安心できない部分もおありでしょうね。
ただ、姉歯事務所の犯罪行為のような事態と木造の構造欠陥とは根本的に
責任の所在が異なります。本来設計事務所というのは、施主にかわって
建物品質を確保するのが責務（設計・監理責任）ですが、これは施主（デベ）の
要請（を受けたかどうかは知りませんが）設計の品質を自ら下げているわけで
言語道断。
建設業界の信頼の根幹に関わる一大事ということです。
今回の確認申請構造チェック期間のチェックというのは、主にＲＣ造の構造計算の
チェックの話で、まさか簡単にできるはずの木造住宅の壁量チェックまで第三者
機関に委託しているとなると、役人は何をしごとにしているのかわからない気が
します。
さて、行政の細かいしくみまでわかりませんが概要はそういうことで、お答えに
なっていないかもしれませんがすみません。
