CCNAなら、試験対策には実機でなくともシミュレーターで十分、という気がしないでもありません。が、実際にネットワークの運用を業務にするには、シミュレーターでCCNAに合格しただけ、ではまず何の役にも立たない気がします。
「実機を使いこなせる」というのが、Ciscoの簡単なコンフィグレーション程度を指すのであれば、「シミュレーターで勉強しておけば実際に就職してからCiscoのコンフィグレーションモードに入れる(あるいはshowコマンドくらいは使える)」という意味となり、スクールの人の宣伝文句も間違いではないという気がします。
が、「実機を使いこなせる」というのが、「小規模ネットワークであれば自分で考えて構築することが出来、運用監視と簡単なトラブルシュートが出来る」という意味なら、シミュレーターをちょっと触ったくらいであれば「実際に社会に出て実機を使う時苦労する」ことになるでしょう。
そういう意味では、「実機を使いこなせる」というステートメントの意味次第で、スクールの言っていることも質問者さんが心配していることもどちらも正解かなという気がします。
Ciscoのサイトからの引用ですが、「CCNA 認定資格者は、小規模ネットワーク( 100ノード以下)に対する、LAN、WAN、ダイヤルアクセスサービスの設置、設定、運営を行えます。」だそうなので、「実機を使いこなせる」というステートメントをこの意味に取るとすると、スクールで実機あるいはシミュレーターを触ったくらいではどうせぜんぜん届かないでしょう。
というわけで、どのみちスクールで実機のlab環境を多少体験した、くらいでは、結局のところ、「小規模ネットワーク( 100ノード以下)に対する、LAN、WAN、ダイヤルアクセスサービスの設置、設定、運営を行えます」というレベルに到達することは難しいので、まずは試験の合格のみを念頭にシミュレーターで授業を受けるという作戦もあながち間違っているとは思いません。