DNA抽出の際のゲル化について

質問

植物のゲノムDNAの抽出を行っています。
ところが、最後のエタ沈の段階でDNAがゲル化し、
溶けにくくなって困っています。
（濃度の高いDNA溶液を作りたいため）
方法はCTAB、SDS共試してみましたが、同じようにゲル化してしまいました。
何かいい方法はないでしょうか？

回答No.2

geneticist12 · ベストアンサー

ゲル化しているのは、主に多糖類ですね。
うまくいくとは保証できませんが、いくつかヒントを、
1．ゲル化した多糖類より核酸は溶けやすいので、遠心して不溶性のゲルを除き上澄みだけ回収する。

2．沈殿を十分量のTEに溶かし、多糖類が十分に取り除けるまで、再びCTAB/NaCl沈殿を繰り返す。

3．沈殿をを十分量のTEに溶かし、多糖類が十分に取り除けるまでフェノール抽出を繰り返す（多糖類を除くのには、クロロフォルムを含まないバッファ飽和のフェノールを使うほうが効果的です）。

お礼

回答ありがとうございます！
早速試してみます。

回答No.3

geneticist12

>一見解けたのですが、粘性が高くて扱いづらいので困ってしまいます。

ゲノムDNAのように高分子のDNAを、高濃度で溶かせば、粘性が高くなるのはごく当たり前のことです。マイクロピペットで扱うときは、市販の穴のサイズが大きいチップか、先を切ったチップを使うといいでしょう。濃度ムラもあり正確に定量できない場合もあることは考えに入れておいてください。

お礼

分かりました。気をつけます。ありがとうございます。

回答No.1

MIYD

DNA量が多い時にはゲノムDNA、プラスミドを問わず
エタチン後にゲル状化するのは仕方ないと思っています。

TEなどをいれて4℃で一晩くらい静置しても溶けませんか？
ローテーターがあればそれでゆっくり回したほうがより溶けやすいと思います。
溶ける前に先端を切って穴を広げたチップでピペッティングする人もいますが、
ゲノムDNAの場合は切れると困る場合があるので私はやりません。

入れたバッファーを含めた全体がゲル状化するのであれば、
もっと薄めるか、そのままよく混ぜて濃度を測って使うしかないと思います。

お礼

回答ありがとうございます！
4度で一晩静置してみました。
一見解けたのですが、粘性が高くて扱いづらいので
困ってしまいます。