昔の士農工商のような身分制度があると思います。一番上が、教授。大学の経営などにも携わります。教授の予備軍が助教授、講師、助手・・・。中央省庁でいれば、キャリア組です。一方、事務系の方は、予算執行などで実権を握り、ある程度力を持っています。これが外務省汚職で脚光を浴びたノンキャリア組に相当するものです。大学の技官は、分析技師や農園の世話係など本当に縁の下の力持ちです。
給料は安いですが、まあ、安定はしているでしょう。一応官舎なども用意されると思いますので、贅沢は出来なくても生活できないことはないと思います。
昇給は基本的に年1回ですが、残念ながら昇級のスピードはとても遅いでしょう。一般的に研究職は行政職よりも冷遇され、昇進のスピードが遅いことが労働組合で問題になっていますが、技官はさらにその下に置かれています。また、大学が独立行政法人に移行することは確実で、将来の身分に不透明なことがあるのも事実です。
ただし、本当に研究が好きで、学問の現場にいたいのであれば、技官として残るというのも一つの手です。良い研究成果を残して世の中に認められている人もたくさんいます。
でも、もし、gijinnさんに野心があるのであれば、行政職を目指した方がいいでしょう。大学の友人が(2)種で当時の建設省に入りましたが、8年目には本省の係長をしていました。本省の係長といえば、地方支局の課長補佐以上に匹敵するような役職です。
なお、現職のまま試験を受けるということも出来なくはありませんが、新しい職場に採用されるのは極めて難しいと思います。(各省間の仁義違反はしません。)gijinnさんが採用担当者になった時を考えてみてください。現状に不満でそこから脱出したいという人が、はたして自分のところにきて満足するだろうか?また同じで辞めてしまうのではないかという疑念を抱くのは極めて当たり前だと思います。それであれば、フレッシュな人にかけた方が良いと思いませんか?あなたの選択肢は、就職浪人をして意思を貫く姿勢を見せるか、文部科学技官になって行政職に配置転換を狙うか、大学で下積み生活に甘んずるか思案のしどころでしょう。
少々きついことを書きましたが、これが現実です。