この程度の交換は結構やっている人はいますが、エンジンブローなど引き起こす内容ではありません。
吸気をK&Nと言っていますが、エアエレメントのことですよね。
純正交換型であれば私もK&NのものをBMWの320Dに使ってますが、全く問題ありません。
純正交換型では無くユニバーサルフィルター（キノコ型など）であれば、場合によっては燃調が若干狂う可能性もあるので、パワーダウンすることや、レスポンスが悪くなることも稀にあります。
この場合現車合わせでのECU書き換えが必要になるかもしれません。
マフラーもレムスでその車種に適合するものであれば基本的に問題が出ることはありません。
車種適合品であれば車検も問題ありませんし（経年劣化で不適合になることはありますが）ディーラーへの入庫も問題ありません。
エンジンブローを引き起こすようなカスタムと言えばECUの書き換えにより大幅にパワーを上げた場合などです。
カスタムしなくてもエンジンオイルを全然交換しなかったり、エンジンオイルが不足していた状態で長期間乗り続けたり、または冷却水（LLC）不足、漏れなどあった場合でエンジンに負荷をかけ過ぎたらエンジンブレーする可能性は高くなります。
お礼
色々と教えて頂きありがとうございました。