生存者の証言、フライトレコーダー、その後の検証等で圧力隔壁破損説は否定されています。さまざまな説が浮上していますが、目撃者の証言も含め自衛隊のミスである可能性が濃厚のようです。
当時最新の駆逐艦の全システム試験が行われていたようで、当然武装の試験もありました。ミサイルの性能試験で模擬標的を発射しましたが、それが日航機に当たったらしいです。ただ駆逐艦がまだ極秘だったこと、それが原因であってはまずいという上層部の判断から、コントロールが不能に近い機を自衛隊機2機が御巣鷹山方面に誘導しました。こう言った場合、海側にコースを取り海面に不時着をさせるのが一版的であるそうですが、御巣鷹山に誘導したのは、そのクルーを生存させられないと言う判断から、稜線に隠れた時点でミサイルを発射しとどめを指したという見解です。通常のあの現場での墜落にしては機体がかなり粉々になっていること、そして何よりも残骸(垂直尾翼だったか)に自衛隊のものと思われる飛翔物の衝突跡とオレンジの塗装片が付着していたこと(模擬標的がオレンジ色だった)から、自衛隊が原因で、その隠蔽のためにミサイルで破壊したという説が有力なようです。
フライトレコーダーの会話から、前方から模擬標的が機に向かってきている事、すでに避けられない状況にあり、何が起こるのかが既に機長やクルーも理解していた事がわかっているそうです。本体なら水平飛行に入りベルト着用サインも消え、乗客も自由にトイレに行けるはずが、サインも消えず、乗客がトイレに行きたいと言った時にCAが機長に確認をとっています。機長は出来るだけ早く済ましてほしいと回答をしています。また、緊急コールも本来は何かが起きてから発するはずが、その前にされているという事も普通ではないと言っています。
墜落後、ニュースでは墜落場所がはっきりしないと報道されていましたが、実は既に場所は確定されていました。横田基地から米軍が救助に飛び立ち、現場での作業を開始するために搭乗員を降下させる直前に帰還命令が入り、何もせずに戻ったそうです。その命令も実は日本側からの要請だそうです。そして実際に救助が始まるまでにかなりの時間が経っていました。実はその時自衛隊が既に入り、証拠品を回収していたそうです。ミサイルにより焼けた遺体までも…証拠になるもの全てです。その時にはまだ何人かの生存者がいたようで、その時に救助すれば助かった命が見捨てられたそうです。
この話を知った時は無性に腹が立ちました。確実な説かどうかもわかりませんが、状況から一番有力とされています。もしこれが事実なら、人間としてやってはいけない事ですし、犠牲者も浮かばれません。遺族はどんな気持ちか。
ただ残念な事ですが、こう言った隠蔽体質は今も続いているという事実があるという事。事実なら本当に残念です。