平成31年度（2019年度）の確定申告は、2020年の2月に行います。なので、今考えることではありません。もっと言えば、2019年1月～12月に得たお給料の合計額が2020年の2月に行う確定申告に影響します。
>入社の際に年末調整の紙を提出しましたが31年度の確定申告はどうなるのでしょうか？（障がい者ということは伝えておらず一般雇用で働いています）
年末調整の紙と言うのは「源泉徴収票」の事だと思います。会社に障がい者であることを伝えていないのであれば、年末調整では障害者控除がありませんので、それなりの所得税になったのかと思います。しかし、確定申告で障害者控除を申告すれば、その分還付金を得ることができます。
会社に対し、障がい者であることを申告できるならば、年末調整で障害者控除も含めて貰えるかもしれませんが、申告できないと言う事情があるのでしたら、確定申告に行って障害者控除を申告する二度手間が発生します。必ずしも申告しなければならないわけではないですが、納めなくても良い税金をわざわざ納めてるわけですから、質問者様にとっては勿体ない話になります。
また、住民税においても、障害者控除があります。確定申告でしっかり申告すれば、質問者様が納めるべき住民税が計算されるはずです。
>30年度の確定申告自体は障がい者控除を受けてしまっても前の会社や今の会社には影響はありませんか？
まったく気にする事はありません。前の会社には何の影響もありません。むしろ、会社に障がい者を伝えていなかったことで、会社が損をしていた事になりますね。障がい者を雇うことで、会社には国から補助金が出ます。言い換えれば、質問者様のお給料の一部を補助金で賄う事もできたわけです。
しかし、「障がい者お断り」と言う会社であれば、会社に障がい者である事を申告できませんけど、、、
