どこにウイルスが存在するの？

質問

HPを持っているのですが、先日、普段使っているFTPでアップロードをした際、プログラムが勝手に書き換わっているのを発見しました。
自分の持っているファイルをオフラインで開いてみると、特に変わった様子はなく、自分の書いた通りになっているのですが、アップロードしたファイルのソースを見ると、一部、書いていないプログラムが勝手に入っているため（ほか、ファイル名なども、小文字が大文字になっているため、一切映らない）、これはどこかにウイルスが入っていて、勝手に書き換えられているんだと思っているのですが。
この状況の場合、どこにウイルスが存在するのでしょうか？　
一応、ダウンロードされるファイルのチェックは、ウイルスバスターでやっているのですが。あんまり関係ないですか？

回答No.1

OMP

その事象がウィルスの仕業かどうかは判りませんが
感染しているのだとしたら、FTPした先のサーバです。
サーバも、要はパソコンですからね。

補足

早速の回答、ありがとうございます。
ウイルスの仕業かどうかわからない、ということですが。
こうした事象がウイルス以外の事象だとして、
他にどういったケースが考えられるのでしょうか？
実は、このFTPは海外からダウンロードした、フリーのFTPで（ちなみに、IPSWITCHというところ）。これって何か、関係あるんでしょうか？