ざっと調べてみましたところ、国産車の新車で購入できる車種の中ではデミオのモータースポーツベース車「15MB」が一番安いのではないかと思います。
国産車の新車では
＜トヨタ＞
●オーリス RS（2,460,437円～）
●86（2,488,909円～）
※以前はモータースポーツベース車で車両価格199万円の「RC」がありましたが、2015年2月のマイナーチェンジで廃止されました。
＜日産＞
●フェアレディZ（3,831,840円＝）
＜ホンダ＞
●フィット RS（1,926,000円～）
●S660（1,980,000円～）
●CR-Z（2,700,000円～）
※先頃、CR-Zは年内（2016年）をもって生産終了されることが発表されましたので欲しい方はお早めに…。
＜マツダ＞
●デミオ 15MB（1,501,200円）、XD系グレード（1,782,000円～）
※「15MB」は1.5Lガソリンエンジンに6MTが組み合わされた特別なグレードです。（←モータースポーツベース車ですがナンバー取得は可能です）
※1.5Lディーゼルターボ車のみのみ6MTとなり、1.3Lガソリン車の場合は5MTになります。
●CX-3（2,376,000円～）
※CX-3は1.5Lディーゼルターボ車のみのラインナップです。
●ロードスター（2,494,800円～）
●アクセラ セダン（1,760,400円～）
※1.5Lガソリン車、2.2Lディーゼルターボ車の両方に6MTの設定があります。
※「アクセラ スポーツ（5ドアHB）」には設定されている2.0Lガソリンエンジン搭載グレードはセダンには設定されていません。
●アクセラ スポーツ（1,760,400円～）
※1.5Lガソリン車、2.0Lガソリン車、2.2Lディーゼルターボ車の全てに6MTの設定があります。
●アテンザ セダン＆ワゴン XD系グレード（3,229,200円～）
※2.0Lガソリン車、2.5Lガソリン車は6ATのみのラインナップです。
＜スバル＞
●フォレスター（2,149,200円～）
※2.0i系グレードのみ。特別仕様車や2.0Lターボエンジン搭載グレードには設定がありません。
●BRZ（2,408,400円～）
※以前はモータースポーツベース車で車両価格205万円の「RA」がありましたが、2015年2月のマイナーチェンジで廃止されました。
●WRX STI（3,790,800円～）
＜スズキ＞
●スイフトスポーツ（1,728,000円～）
※初代HT81S型、2代目ZC31S型は5MTです。
…などがあります。
中古車では、
＜トヨタ＞
●iQ 130G系グレード（NGJ10型）
※初期型にはMT車の設定がありません。
●カローラ＆スプリンター（セダン） GT系グレード（AE111型）
●カローラワゴン BZツーリング系グレード（AE101G型）
●スプリンターカリブ BZツーリング系グレード（AE111G型）
●カローラレビン＆スプリンタートレノ BZ系グレード（AE111型）
●カローラランクス Z系グレード（ZZE123型）
●アレックス RS180系グレード（ZZE123型）
●カローラフィールダー Z系グレード（ZZE123G型）
●ヴォルツ Z系グレード（ZZE137型）
●WiLL VS 2ZZ-GEエンジン搭載グレード（ZZE128型）
※初期型にはMT車の設定がありません。
※限定車の「レッドスペシャル」と「ホワイトスペシャル」はMTのみの設定です。
●オーリス RS（初代ZRE152H型）
●MR-S（後期型）
※前期型は5MTです。
●セリカ SS-II系グレード（ZZT231型）
※SS-I系グレード（ZZT230型）は5MTです。
●カリーナ GT（AT210型）
●アルテッツァ
※AS系グレード（６気筒エンジン）の初期型にはMTの設定がありませんでした。
●アルテッツァジータ
※モデル末期には6MT搭載グレードが廃止されています。
●スープラ（JZA80型）
※SZ系グレードの場合には5MTモデルがあります。
＜日産＞
●ティーダ 18G（JC11型※先代C11系）
※モデル中期に6MTの設定がありました。
●ティーダラティオ 18G（SJC11型※先代SC11系）
※モデル中期に6MTの設定がありました。
●プリメーラ 20V系グレード（HP12型※３代目P12系）
※初期モデルと後期モデルには設定がありません。
●プリメーラワゴン 20V系グレード（WHP12型※２代目W#P12系）
※初期モデルと後期モデルには設定がありません。
●エクストレイル（先代T31型）
※2.0Lディーゼルターボ車のGT系グレード。
※前期型には2.0Lガソリン車（20X系グレード）にも6MTの設定がありました。
●シルビア（S15型） スペックR系グレード
※スペックS系グレード（NAエンジン車）は5MTです。
●フェアレディZ（先代Z33系）
●スカイライン（先代V36系（CKV36型）クーペ370GT系グレード、先々代V35系（PV35型）350GT系グレード＆（CPV35型）クーペ350GT系グレード、6気筒最終モデル（BNR34型）GT-R）
＜ホンダ＞
●フィット RS（先代GE8型）
●フィットハイブリッド RS（先代GP4型）
●シビック タイプR（FK2型、FN2型、FD2型、EP3型）
※FN2型は正確には「タイプRユーロ」になります。
※初代EK9型は5MTです。
●インテグラ タイプR（DC5型）
※初代DC2型／DB8型は5MTです。
●アコード ユーロR（CL7型※7代目アコード）
●S2000
●NSX
※初期モデル（3.0Lエンジン）は5MTです。
＜マツダ＞
●ロードスター（3代目NCEC型、2代目NB8C型）
※初代NA系（NA6C型／NA8C型）と2代目1.6Lモデル（NB6C型）は5MTです。
※2代目NB系のクーペモデル（NB8C改型）にも6MTの設定があります。
●RX-8
※ベースグレードには5MTの設定があります。
●アテンザ スポーツ（5ドアHB）（先代GH5FS型：25S系グレード、初代GG3S型：23S／23Z系グレード）
●アテンザ ワゴン（先代GH5FW型：25S、初代GY3W型：23S／23Z系）
●マツダスピードアクセラ（2代目BL3FW型、初代BK3P型）
●マツダスピードアテンザ（GG3P型※初代アテンザがベース）
＜スバル＞
●インプレッサ（セダン） WRX STi系グレード（３代目GVB型、２代目GDB型）
●インプレッサ（5ドアHB） WRX STi系グレード（３代目GRB型）
●インプレッサスポーツワゴン STi系グレード（２代目GGB型）
●フォレスター STiバージョン（2代目SG9型）
●レガシィB4（セダン）（5代目：BM9型2.5GT系グレード、4代目：BL5型2.0GT系グレード＆BLE型3.0R系グレード）
※4代目に「S402」という限定モデル（BL9改型）があります。
※4代目に「tuned by STI」という限定モデル（BL5型）があります。
※3代目に「S401STiバージョン」という限定モデル（BES型）があります。
●レガシィツーリングワゴン（5代目：BR9型2.5GT系グレード、4代目：BP5型2.0GT系グレード＆BPE型3.0R系グレード）
※3.0R系グレード（BPE型）の6MT車は途中で廃止されています。
※4代目に「S402」という限定モデル（BP9改型）があります。
※4代目に「tuned by STI」という限定モデル（BP5型）があります。
＜三菱＞
●ランサーエボリューションVIII、IX（CT9A型）
※6MTだったのはエボ８～エボ９の２世代だけです。（VII以前とX以降は5MTです）
※エボ10以降はマニュアル車は5速ですが、ツインクラッチSST車（←AT限定免許で乗れます）は6速になります。
●ランサーワゴンエボリューション（CT9W型）
蛇足ながら、昔の軽トラック（スバル・サンバー（TT2型、KS4型）など）に5MTモデルの中の一部に１速より更に低いギヤ比のエクストラロー（EL）が付いた「5MT＋EL」という仕様があり、考え方によっては6MTと言えなくも無いかもしれません。
以上、間違いや漏れがありましたらごめんなさい。
