よくやり取りする相手・グループの場合、相手の個人名もしくは所属グループ名でフォルダを作り自動振り分けてました。受信時の自動振り分けじゃなくて受信箱で読んでから振り分けボタンを押しての振り分けです。
下手にジャンル別に分けると、ジャンルに分けにくいメールの処理に困ります。
検索機能が強いメールソフトの場合、「超」整理法風に、全部受信箱に入れて、時々時期別フォルダに入れて検索で探すのもいいでしょう。私はこれも併用してます。毎月月初に3ヶ月以上受信箱にあるメールを[2004-01-03]といった3ヶ月用のフォルダに移してます。
>某会社からメールがきた時に、タイトルの前に[123-XXXX]というようにナンバーがついていました。
問い合わせのメールに対しての返事じゃないですか?問い合わせを受けるコールセンターでは、問い合わせを管理するシステムがあって、過去の記録を見て前回返事を書いた人以外の誰でも過去のやり取り経緯を知ることが出来るようになっているので、その管理番号でしょう。
そうでなければ、社外に出るメールのゲートウェイで、情報漏洩管理のために記録を取っておりその時につけているのかもしれません。あるいは、メールマガジンの類なら専用プログラムを使っているんでしょう。
まあ、必ず管理番号をつけることが義務化されていて手動でつけているのかもしれませんが。