免税業者の消費税の考え方
免税業者（平均年収600万程度）のフリーライターです。
青色申告者で、平成17年度までは単式簿記（青色控除額10万円）でしたが
平成18年度から「やよいの青色申告06」を導入し、
今回初めて複式簿記（青色控除額65万円）での申告を予定しております。
報酬と一緒に振り込まれる消費税について教えて下さい。
私が業務提携をしているとある会社は、源泉前の請求額に消費税を別途上乗せした額を
報酬として支払いをしてくれます。
例えば契約額が50万円の業務に対しては、
請求額(500,000円）－源泉徴収税(50,000円）＋消費税(25,000円)
の、475,000円が振り込まれます。
免税業者なのでこの消費税（最終的に1年分で30万程度）に関しては
納税は免除されると理解しておりますが、この消費税は課税対象所得となるのでしょうか？
実はこれまでは、例えば収入がこの会社オンリーだったと仮定して、送られて来た
支払い総額 源泉徴収額
5,000,000円 500,000円
（250,000円）= 消費税
と言う支払調書を添付の上、調書にある支払い総額とイコールの
5,000,000円を総収入額として記入していたのですが、もしかして
（支払い総額＋消費税）の5,250,000円が、本来、私が記入すべき
収入総額だったのでしょうか？
初歩的な質問かと思いますが、宜しくお願い致します。
