プライマー及びプローブについて

質問

ある遺伝子の発現量を調べるため、PCRやDIGを用いた論文を読んでいるのですが、
この際に準備するプライマーやプローブは、目的の遺伝子がCYP関連の遺伝子ということまでわかっていれば、準備することができるのでしょうか。

この論文ではプローブによって候補をいくつか挙げ、最終的に目的の遺伝子にたどりついているのですが、細かいmethodの理解ができていません。よろしくお願いします。

回答No.2

hiddenleaf · ベストアンサー

私はCYP遺伝子に詳しくないのでアレですが。
遺伝子の発現を確認する一般的な実験の流れを以下に記載します。
例えば対象がCYP1A1であると分かっているのであれば、その遺伝子配列は調べればすぐわかります。
配列をみて、対応するプライマーを数種類用意します。
数種類用意する意図は目的によって色々ありますが、プライマーが上手く機能しないことがあるので保険に数種類用意したり
出てきたバンドが非特異的なバンドではないことを示すために、複数のプライマーのパターンでPCRを行うといった場合があります。
それと前回回答時に「プローブ」とありましたが誤記です。
全て「プライマー」と読み替えて下さい。
大変失礼しました。

以下参考まで。
遺伝子の発現をみるには、まず細胞からtotal RNAを採取します。
そこから目的遺伝子のmRNAを逆転写してcDNAを作成。
その後、得られたcDNAをテンプレートにPCRを行うといった流れになります。

お礼

ご協力ありがとうございました。
こういった質問は初めてで、不安でしたが助かりました。

本当にありがとうございます。

回答No.1

hiddenleaf

状況がよく分かりませんが。
「プローブによって候補をいくつか挙げ、最終的に目的の遺伝子にたどりついている」
とありますが、目的遺伝子に引っかかるプローブを数種類用意しているだけではありませんか？

発現量を調べる（定量）のであれば、リアルタイムPCRでないと厳しいです。
発現の有無をみるだけであるのであれば、ただのPCRでも大丈夫です。

如何せん詳細が分からないので、この程度のコメントしかできません。
申し訳ないです。

お礼

お答えいただきありがとうございます。

ご返信内容の
「目的遺伝子に引っかかるプローブを数種類用意しているだけではありませんか？」に関してですが、
今回の目的遺伝子がCYP関連であるとまでわかっていれば、プローブを数種類用意することができるのでしょうか。

同様に「発現の有無をみるだけであるのであれば、ただのPCRでも大丈夫です」
に関しましても、CYP関連であるとわかってさえいれば、プライマーを用意することができるのですか。

よろしくお願いいたします。