自分は実家が四国のある県ですが、鉄道が殆ど存在感無いのは少なくとも国鉄時代から変わらないことで、過疎だけの問題でもないのではないかと・・・。
首都圏のように鉄道一本でどこへでも行ける訳ではありませんから、不便ですしね。現に人気のあるスポットや観光地の多くは、車（もしくは不便だけどバス）でしか行けないような所にあります。人気観光地でさえ駐車場がタダだったりすることが多いです。通勤も殆どは車やバイク。昔から根っからの車社会なのです。
帰省者や外からの訪問者はともかくとして、少なくとも地元に住む人の多くは鉄道が無くなっても別に困らないって人も多いと思います。
首都圏であれば街の中心と言えば必ず駅ですが、四国の多くの街は全くそうではありません。まぁ鉄道はその程度の存在感です。
以前は自分もJRを利用していましたが、地元の高速バスを知ってからそればかり利用しています。JRの特急よりはるかに安いですし、高速も出来たので時間も短くなりました。おそらく高速に乗っている限りは渋滞も皆無だと思います。リムジンバスなので快適です。
JR四国の料金値下げって初耳なんですけど、この辺の要因も影響しているのでしょうか・・。
・・・こんな感じで、考えれば考えるほどJRが自体が続いているのが不思議に思えてきますね。まぁ国鉄時代に作られた立派な設備は残っている（ボロだけど）のでしょうから、それで繋いでいる感じなのでしょうか。
もし将来に期待出来る点があるのだとしたら、「観光」ただ１つくらいだと思います。アンパンマン列車目当てにわざわざ四国旅行を決めたという子供連れがいましたが、鉄道そのものを売りにするだけでは勿論駄目で、四国観光全体の売り込みが必要だと思います。四国は九州なんかに比べると狭いかもしれませんが、一週間くらいの旅行には充分過ぎる規模ですし、そこならではのそれ相応のものはあります。
また、海外旅行とはまた違った趣の手軽に行ける国内旅行ってもの自体が、これからは日本経済の支えになる気がしますしね。勿論、日本文化目当ての海外からの旅行者も、日本全国で見られる時代になってくるはずです。（もうその兆しはありますね。）
ご参考までに。
補足
料金値下げは高速道路の料金のことです。 分かりずらい書き方ですみません。