質問者さまは、就職後、銀行のどういう業務を通じて活躍している姿を想像していますでしょうか？
それによって、比較検討の仕方が変わってくるものと思います。
会社のシステムの違いなどは、入社後に勝手に身に付いてくる（覚えさせられる？）ものと思います。
ですから、システムの違いなどは、検討のためにあまり関係ないかと思います。
それよりも、「どうして銀行の一般職を志望するのか」←それはなぜ？、それはなぜ？と、
もっと掘り下げて、考えてみてはいかがでしょうか？
まず、手を付ける取り掛かりの段階としては（これだけでは志望動機としてまだまだ不十分と思いますけども）、
（例）適性から考える
・ミスが少ない。→照合や打電に適性があると思う。→銀行の一般職窓口業務で、戦力になれる。
・財務諸表が読めて、経営分析ができる。→カウンター営業や融資業務で、戦力になれる。
・英語や国際情勢に適性がある。→外貨取扱業務で、戦力になれる。
（例）企業理念とマッチしているか？を考える（業界研究を深める）
・主力事業分野、取扱商品の特性、経営のスタンス、会社の沿革など
（例）目的から考える
・地域の中小企業を、現場に近い立場で支えていきたい→銀行の窓口業務を通じて中小企業の活性化に密着して貢献したい。
→ 大手銀行よりも、信用金庫などの方が社風が合うかもしれません。
※ 就職先は、知名度や大企業であるほど良いということはありません。
正解はありませんが、質問者さまにとって良い企業は、やりがいを感じられる企業、
自分自身が成長できる企業、価値観に共感でき、働いていて充実感がある企業、
何よりも、入社後にその企業で働き続けたい！もっと努力したい！と感じられる企業
等が、一般的に良い就職先の選び方の回答だと思います。
（大企業は安定しているから良い。という意見もあるとおもいますが、
地方銀行や信用金庫でも、健全な財務体質を保っている企業はたくさんあります。
ぜひ探してみてください。）
★具体的な銀行間の比較では、すでにお調べかもしれませんが、
「会社四季報、就職四季報（東洋経済新報社の出している本）」などをみると、
多数の銀行がまとまったページに載っていて、比較しやすいと思いますよ。
銀行のホームページだけで調べていくのは、危険なので、あまりおススメはできないですね。
（最大の理由は、ホームページは自分の会社の悪い面に触れられていないからです。）
何よりも、就職後、５年先、１０年先に、どういう自分になっていきたいか！！
という観点から、就職活動をしてみたらよいと思いますよ。
