なんか、見守ってましたが回答が付かないようなので一般論で回答を・・・・
まず、回答が付かないのは、条件が漠然としすぎて原因がわからないからです。
柑橘の皮に含まれる成分は元々結構刺激が強いですから調子が悪い(粘膜が弱い）ときであれば質問者様のような症状を発する可能性は否定できません。
わたしものどが弱っているときにゆず茶を飲むと喉がいかれます。
ですので、そのような症状が出たのであれば病院に行き診療を受けるべきでしょう。
もしかしたら、アレルギーの可能性も否定できないからです。
なお、一般的に生育途中に防かび剤を使う農家はありません。
生育途中に防かび剤なんて弱い薬を使っても意味がありません、使うなら殺菌剤でしょう。害虫に対しては殺虫剤ですね。
農家にとっても、薬は使わずにすめ良いものであることに代わりはありません(タダではないのですし、しかも使う農家が一番濃度の濃い状態で浴びる）
まして、消費者の目が厳しい日本において収穫後に薬剤を使用することは、費用対効果の面から百害あって一利なしなのでほとんどやらないと思います。
手っ取り早く、買った農家にどんな農薬使ってますか？ と聞いた方が早いですよ。
後ろ暗いところがなければ、いつどんな薬剤を使ったか教えてくれます。
育成していく上で必要であれば、普通の農業者は薬（農薬）を使います。
ただし、決められた使用条件の下ですから、通常は害が出ることは少ないですが、敏感な人には害が出ることがありますから、そこは医師と相談いただくしかないと思います。
【オマケ】
ここからは、少しキツイ(皮肉をこめた）内容になるので割り引いて読んで欲しいのですが、まさか、その柑橘類をいた場所で(側をゴキブリが通ったから）殺虫剤、防虫剤(蚊取り線香含む)を使ったり、柑橘が入った箱を置いた場所の側で衣類用の防虫剤などを使用していたなどと言うことは無いことはないですよね・・・
(スーパーなどで売られている野菜などで殺虫剤が検出された原因がそういった場合もあります）
