＞土地謄本の地目が、悪用水路になっています。
用悪水路の間違いですね。
用悪水路は、かんがい用又は悪水はいせつ用の水路であり、耕地利用に必要な水路です。
つまり、用水路管理組合又は農業用水管理組合が「水利権」を持っています。
＞現在は、水路がなく駐車場として使用していますが、問題はないのでしょうか？
先に書いた通り、水路の管理組合が「水利権」を持っています。
既に「水路を埋めて、駐車場にしている」との事ですから、合法的に水路を埋めたのか否かが重要ですね。
「水利権」が生きているのに、無断で水路を埋めたのであれば・・・。
将来、埋めた用悪水路を灌漑・農業用水に使うので、水路を復活しろ！と水利権を主張されると、元の用悪水路に（現在の所有者が）戻す（現状復帰）義務を負います。
また、家を建てるので「雨水・浄化槽汚水を流すので、元の用悪水路を復活しろ！」と依頼されても、現状復帰義務が生じます。
また、水利組合から「損害賠償請求」があるかも知れません。
「水利権」の消滅を確認した上で、合法的手続きを経て水路を埋めたのであれば・・・。
管理組合は無いので、水利権もありません。
まぁ、どちらの場合でも、違法状態である事は同じです。
役所に対しての手続きを行っていない事になります。
用水路に、車を止める事は出来ませんからね。
水路には、固定資産税はかかりません。が、土地には、固定資産税が課税になります。
用悪水路を埋めた時点から現在まで、脱税状態が続いていますよ。
＞地目変更をする必要があるのでしょうか？
水利権が生きている場合は、先に書いたように将来用水路として利用する可能性があります。
水利権が無くても、先に書いたように脱税状態継続中です。
（農地にした場合は、たぶん固定資産免税でしよう）
将来の不安を無くす為にも、地目は変更した方が良いですね。
時々、争いがあるのです。
分譲宅地を買ったら、敷地内に（登記上の）用水路があった。
隣家から「新築で生活廃水を流すので、水路を復活します」という事態がね。
見た目には用水路はありませんが、敷地内に用水路がある事を知らないで買った購入者。
用水路が近くにあるので安心して、隣接する土地を買った購入者。
悲惨です。
お礼
ありがとうございます。 地目変更も含め検討したいと思います。 水利組合についても、確認が必要ですね。