RNAの電気泳動について

質問

RNAの電気泳動について

初歩的な質問で申し訳ありません。

最近、動物細胞からtotal RNAを抽出する実験を始めました。
抽出後、電気泳動でチェックを行っています。
泳動後は、28S rRNAと18S rRNAのバンドを確認し、
実験が成功しているか判断する・・・というところまで調べたのですが、
28Sと18Sはおおよそ何bp付近にバンドが現れるものなのでしょうか。

現段階では、バンドは1500 bp付近に濃くと700 bp付近に現れています。
また、2000 bpの上あたりにも薄くバンドが現れています。
28Sと18S　rRNAの質量比が約2:1ということなので、
1500 bp付近と700 bp付近のバンドを確認すれば良いのかと
考えてはいるのですが・・・

同じような質問がすでにあったら申し訳ありません。
行き詰ってしまっています。

宜しくお願いします。

回答No.2

otx · ベストアンサー

そもそも、RNAは一本鎖ですので、
DNAマーカーのどの分子量のバンドと同じか？と言われると
実際に比較してみないとわからないです。

また、RNAの分子量は、RNAの電気泳動をホルムアミドやホルマリンを加えた変性条件でする場合と
普通のDNAを泳動する場合と同じ条件でする場合とでも異なります。

さて、質問者さんの文脈から察するに、
おそらく、抽出したRNAがちゃんとしたものか？（分解していないか？等）ということを
実験前に確認したいということと思われるので、そのことについてアドバイス致します。

http://www.funakoshi.co.jp/shiyaku/entry/856.php?mode=print

こちらのサイトの泳動像をご覧下さい。
total RNAを泳動した場合、ほとんど２本しかバンドとして確認することができません。
（泳動像の分子量が小さいところにうっすらバンドが見える場合も、その場合３本）

そのメインの２本が28S rRNAと18S rRNAです。

なので、そのメインに見える２本がきちんとバンドとして確認されれば（ほぼ２対１になるのはおっしゃる通り）、
そのRNAはちゃんと精製できていると判断していいと思います。

お礼

お返事が遅くなってしまい、申し訳ありません。
大変わかりやすい説明、ありがとうございました。
その後も色々調べてみました。
勉強不足を痛感し、お恥ずかしい限りです・・・

他に回答して下さった方も、どうもありがとうございました。

回答No.1

prumin

分子生物学の研究をするのであれば，それ位はデータベースなどから調べられないとまずいですよ。

28S は約 5000 bp，18S は約 2000 bp だそうです。