SDS-PAGEについて

質問

タンパク電気泳動の際、SDSを加えることにより、もともとの電荷（プラスやらマイナスやらタンパク独自が保有していた電荷）をマイナスに帯電させますよね。そして電流を流し、アクリルアミドゲル中で分子ふるいにかけ分子量ごとに分離させるんですよね。

そこで質問ですが、タンパクの分子量に関わらず結合するSDS量というのは一定なのでしょうか。

現在就職活動中で先日技術面接時に、「タンパクの分子量によって結合するSDSの量も変わるの？」って聞かれて「はい」って答えたら、「違う量のSDS結合したらそれだけで流れ方変わってくるでしょうが。同じ量のSDSが結合して、そして分子ふるいにかけるんだよ」って叱られました（笑）
自分で調べたうちではタンパク１ｇに対しSDS１.４ｇが結合するという記載もあったので、タンパク分子量によりSDS結合量も違うと思うのですが。
SDS結合量依存的に流れ方は変わるのでしょうか。どうなのでしょうか、ぜひとも意見をお聞かせください。

回答No.3

bonjovi

これは言葉のあやかもしれないですねぇ。その面接官はタンパク質の単位あたりの量にたいしては同じ量のSDSがくっつくと言いたかったのではないでしょうかね。

回答No.2

noname#53364

SDS-PAGEの原理と、タンパク分子と界面活性剤の結合がめちゃめちゃになってます。

タンパクの分子量によってという枕詞がつくとどうかと思います。
分子の種類によって厳密には変わります。もっといえば酸性アミノ酸、塩基性アミノ酸の含有量、特にそれがリッチな部分を持てば変わってきます。その結果、立体構造を残したままの部分が生じると、予想される分子量と泳動距離が変わります。

＞SDS結合量依存的に流れ方は変わるのでしょうか

ここの考えは部分的（マイナーな範囲で）には正しいです。しかし、普通は十分量のSDSが結合することでチャージが無視できるために分子ふるいが可能になるわけです。

でも同じ量のSDSなんて事は絶対にないです。仮にプラスチャージを１持つものと２０持つものにどれも等しく１０のSDSが結合したとしたら、一つは－９もう一つは１０になりますよね。実際は大量につくのでどちらも十分にマイナスチャージになるわけですよ。

はっきりいえば質問の仕方も悪ければ、答え方もまずかったなと思います。

少し言葉足らずな部分もありますがいいたいことは伝わりましたか？

回答No.1

fujishiro

ぶっちゃけ、大きいタンパクにはたくさんのSDSがくっつくとおもいますよ。SDSは界面活性剤で、タンパクを覆うことによってタンパクを可溶化し、マイナスチャージにすることが目的なので、大きいものにたいしてはたくさんつかないと覆い切れないと思うんですよ。

で、くっついてるSDS量で泳動が左右されるかという点については、左右されないと思います。SDSが十分量存在した場合、タンパクはSDS単体とほぼ同じレベルまでマイナスチャージ化されると思うんです。もちろん若干の違いはあろうかと思いますが、たぶん１００が１１０になったとかっていう次元だと思うんですよね。その差は分子ふるいと比べて小さいから出ないと思うんです。
そう考えないと、もともとタンパクのpKaって結構、差があるんですから、同じSDS量がついた、というだけならタンパクのpKaによっても差が出てしまうことになると思うんですよね。
ちなみにSDSを使わないPAGEもしたことがありますが、ほとんど同じ分子量のタンパクが若干のｐKa差によってめちゃくちゃわかれます。

というわけで私の回答はタンパクの大きさが違えばとうぜん、くっつくSDS量は違う。ただし、SDSのマイナスチャージの役割が大きいため、泳動には差が出ない。ということです。