入社時によって残業時間の計算方法が違うのは合法ですか？

質問

個々の入社時の契約によって残業時間の計算方法が違うのは認められますか？
2ヶ月前に新入社員の残業時間管理を任されることになり、残業単価を確認したところ年俸（月給X12ヶ月＋5ヶ月（ボーナス））をベースに計算されていました。
ところが入社7年目の社員2名の残業単価は月給X12ヶ月で計算されておりボーナスとして支給される5ヶ月分は含まれておりません。

上司に聞いた所、本社（海外）などに確認し色々調査してくれたのですが入社時の契約が基本になっているので仕方がない結論でした。
但し来年からは全員年俸制にするので新入社員と同様の計算になると説明されました。社員10名以下の会社なので就業規則はなく、入社時の契約書に残業の計算方法が明記されております。
月給によっては新入社員の方が残業単価が多く支払われる事になり納得出来ないのですが、せめて気がついた時期（2ヶ月前）からの差額分を請求する事は出来ないのでしょうか？

回答No.1

ROMIO_KUN

「入社時の契約が・・・」が全て正しく個々に違いがあっても個々の社員が会社を去るまで生き続けます。
なので入社時ごとに契約に違いがあって不公平感が出てくるのは実際に有ることです。
上司なり経営者の言うことは正しいです。
またこれが契約というものです。
　経営者は社員の間で不満が出ない様にそのことを出来るだけ埋めるべく以降の運用で
差がでないように苦心するものです。
　その差が大きくどうしても整合がとれないばあい、会社側から契約について改訂を示される場合が
あると思います。改訂（改定？）には両者の合意が必要となっていると思います。
ただし多くの場合会社側からの一方的な改訂になり社員の側は合意するしかないことになってしまいますが。

組合がある会社では組合がその対応をまとめて行っているので社員はあまり気にしなくなっていることが多いです。

お礼

ROMIO_KUNさん、回答ありがとうございます。

取りあえず、会社側が私達の訴えに耳を傾けてくれて、来年からは改定されるのをよしとします。