＞親の扶養から外れて独立して申請しようと思うのですが、
その際の手続き方法や仕組みやデメリットを教えてください。
大学の授業料の免除の規定は一律ではないはずなので、その規定がわからなければはっきりとはいえないでしょう。
例えば世帯分離にしてもそれだけで別世帯と認めてくれるのか、はっきり別居してるのならともかく、単に世帯分離しているだけで同居しているなら実質を取って別世帯とは認めないということもあるかもしれません。
＞収入は103万以下ですが、学生控除は受けられますでしょうか？
大学院生も勤労学生控除の対象です。
それと当然２３歳以上ですね。
まず親の負担はと言うと
所得税の扶養控除が３８万、親の税率は親の所得によって異なりますが一応標準的に１０％として
３８００００（円）×１０（％）＝３８０００（円）・・・今年の親の所得税の増額
住民税の扶養控除（特定扶養親族）が３３万、親の税率は１０％なので（住民税は前年課税なので来年の支払に影響する）
３３００００（円）×１０（％）＝３３０００（円）・・・来年の親の住民税の増額
ということで今年の所得税と来年の住民税の合計で
３８０００（円）＋３３０００（円）＝７１０００（円）
ということで親は７１０００円の増額になります。
また以下に出てくる勤労学生控除は親の負担には関係しません。
一方質問者の方と言うと
所得税については給与所得控除（６５万）と基礎控除（３８万）を合わせて
６５万＋３８万＝１０３万
ということで１０３万までは課税されません。
さらに学生ですと勤労学生控除（２７万）があるのでこれを加えて
１０３万＋２７万＝１３０万
１３０万までは課税されません。
次に住民税ですがこれはより複雑です。
住民税は均等割と所得割のふたつの部分から成り立ちます。
均等割には非課税の限度額がありますが、自治体によって差があります９０万～１００万ぐらいです、つまりこれ以下なら課税されません。
一方所得割は全国一律で１００万までなら課税されません。
さらに住民税にも勤労学生控除（２６万）があります。
ただこの勤労学生控除は均等割には影響しません、あくまでも影響があるのは所得割のほうです。
住民税（所得割）については給与所得控除（６５万）と基礎控除（３３万）を合わせて
６５万＋３３万＝９８万
勤労学生控除（２６万）があるのでこれを加えて
９８万＋２６万＝１２４万
ということで１２４万まで課税されないと言うことです。
まとめると
親の負担
所得税
３８０００（円）・・・今年の親の所得税の増額
住民税
３３０００（円）・・・来年の親の住民税の増額
合計
７１０００（円）・・・親の今年の所得税と来年の住民税の増額
質問者の方は
所得税に関しては今年、住民税（所得割）に関しては来年勤労学生控除を受けたとして
所得税
給与所得控除（６５万）＋基礎控除（３８万）＋勤労学生控除（２７万）＝１３０万・・・この金額まで課税されない
住民税
均等割
９０万～１００万（この金額まで課税されない、自治体によって異なる、勤労学生控除の影響を受けない）
所得割
給与所得控除（６５万）＋基礎控除（３３万）＋勤労学生控除（２６万）＝１２４万・・・この金額まで課税されない
つまり
『（９０万～１００万）以下』
今年の所得税なし、来年の住民税の均等割も所得割もなし
『（９０万～１００万）から１２４万まで』
今年の所得税なし、来年の住民税の均等割あり、所得割なし
『１２４万から１３０万まで』
今年の所得税なし、来年の住民税の均等割も所得割もあり
『１３０万以上』
今年の所得税あり、来年の住民税の均等割も所得割もあり
となります。
それから勤労学生控除を受けるためには、下記をご覧下さい。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1175.htm
「勤労学生控除を受けるための手続について」の中に『勤労学生控除に関する事項を記載した確定申告書を提出して確定申告をする』か『給与所得者の場合は、給与の支払者に勤労学生であることを記載した「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出する必要があります。』ということです。
それから国民健康保険に入らねばなりませんが、保険料は自治体によって基になる金額及び計算方法が異なりますので、自治体によっては大きく差が出るために例を出すと誤解が生じる恐れがあるので控えさせていただきます。
ただ自治体（市区町村レベルまで）がわかればある程度の数字は出ますが。
それから国民年金ですが学生納付特例制度があります、ただしこれは支払をある期間猶予してくれるということで、免除にはなりません。
