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WinmostarでWinGAMESSがうごかない！
- WinmostarでWinGAMESSがうまく動かない問題が発生しています。英語が分からず初心者のため、解決方法がわかりません。
- Winmostarはインストール済みで、Wingamessは解凍し、C\WinGAMESSに入っています。GAMESSのパスも設定しましたが、計算が正常に行われません。
- セットアップ内容やスペックに問題はないか確認しましたが、動作しない原因は特定できません。Cygwinなどのソフトが必要なのかもわかりません。初心者向けの詳しい解説をお願いします。
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- chem-lupin
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- chem-lupin
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＞exam1.outなど、ファイルサイズはいずれも7KB程度でした。 大体のエラーの原因が判りました。 GAMESSは元々UNIX上で開発されており、Windows上でも使える様にしたのが、WinGAMESSです。 UNIXとWindowsは、改行コードが異なります。 UNIXは、[LF](Line Feed)、Windowsは[CR+LF](Carrige Return + LF)です。この改行コードがUNIXの[LF]でないと、WinGAMESSで計算できません。 例えば、元々のexam01.inpファイルをエディタやワープロソフトで開いて、上書き保存などをすると、大抵は[LF]が[CR+LF]に置き換わってしまいます。この様にexam01.inpの改行コードを変えて、エラーを起こさせると、7k位のexam01.outファイルが出力されます。 exam01.inpが、他のexam02.inp～exam43.inpと比べて、最近の更新日時だと、この可能性が高いです。 恐らく、exam01.outの下から６行目辺りに、 **** ERROR , NO $DATA GROUP WAS FOUND と云ったエラーメッセージが出力されていることと思います。 対処は、保存する時に改行コード([改行(LF)]或いは[改行(CR+LF)])を選べるエディタなどで、[LF]を指定して保存し直します。 残念ながら、Windows付属の[メモ帳]や[ワードパッド]には、この機能はついていない様です。 vectorなどで探すと、改行コードを変える機能のついたフリーのエディタがあると思います。 改行コードを[LF]に変更して実行してみて下さい。もし、別の原因の様であれば、[ERROR]が入った１行（ERRORは、ファイルの後ろの方に出るので、[ERROR]以降の最後の数行もあると望ましいです）を補足して下さい。
補足
残念ながら、exam.outの下から６行目に、そのような記述はありませんでした。 代わりに下６行を写します。 THE POINT GROUP OF THE MOLECULE IS CNV THE ORDER OF THE PRINCIPAL AXIS IS 2 ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly. ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes. ddikick.x: Execution terminated due to error(s). ----- accounting info ----- とりあえず、vectorでフリーソフトをとってきて、 exam1.inpの改行コードをShift_JIS・ＬＦに変えてみました。 それをbatmakerで処理して、jobで実行しましたが、 でてきたコマンドは変わらず、 また、outの容量・最後の文字列(上に示したもの) は変わりませんでした。 いろいろと迷惑をかけてすいません。
- chem-lupin
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batmakerで作ったbatchファイル(*.bat)を実行している様なので、それでよいと思います。 Window用のWinGAMESSなので、WordPadなど(Windows付属のものよりもエディタと呼ばれるものを持っているなら、見るのにそっちのほうが良いです。)で、exam01.out(c:\WinGAMESS\testｓ\exam01.inpと同じディレクトリにできていると思います)を開いて見て下さい。53k位のファイルができていると思います。出力ファイル(*.out)はテキストファイルです。 一番下から、１１行目辺りに EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY Fri Aug 22 12:34:56 2008 末尾の日付は計算した日時 と出力されていれば、ちゃんと計算しています。 ここまで問題がなければ、Winmostarを使って、制御してみます。 ファイル(F)->開く(O)で、ファイルの種類を[GAMESS(*.inp,*.gms)]として開きます。 最初に書いた時は、ちゃんとチェックしなかったのですが、(exam.inpファイルの中にも)開こうとして「”は浮動小数点数ではありません」とメッセージボックスの出るファイルはちゃんと読み込めていません。私の手元のものが若干古い組み合わせなので改善されている可能性がありますが、幾つか開けないものもあるようです。(Winmostar側の問題) 開いた後は、計算(C)からGAMESS startさせて下さい。 計算終了後は、同様に出力ファイルの後ろの方に[TERMINATED NORMALLY]のメッセージがあるかどうかで、正常に計算したかの判断をして下さい。 もし、exam01.inpがうまく計算できていなければ、batmakerで作った*.batファイルを一度削除して、もう一度exam01.inpをbatmakerの[Add file to list]で指定して、[Save bat file]で保存してからbatchファイルを実行して下さい。 メッセージの >Running exam01.inp ... >C:WinGAMESS\temp\exam02.* が見つかりませんでした。 は、多分ですがexam02.inpのあるディレクトリが"c:\WinGAMESS\tests\"なのでは、ないでしょうか？ （そもそもbatmakerで作ったbatchファイルなら先の行のexam01.inpと次の行のexam02.*が異なるのは、変な気もしますが…。慣れるまではbatchファイルの直接の編集は勧めません） それと、c:\WinGAMESS\temp\ディレクトリにある、exam01.datは、計算の中間ファイルなので、直接見ても欲しい情報は載っていないと思います。 補足の日時は表示されないので、時間が経っているかもしれませんが、気付いてから即日回答です。試してみたら、結果を補足して下さい。
補足
exam1.outなど、ファイルサイズはいずれも7KB程度でした。 また、wordpadで開いてみましたが、正常にGAMESSは終わったという文字はありませんでした。 なので、*.batを削除してもう一度やってみたのですが、前と同じような.outしかできませんでした。 次に、Winmostarでエタンを作って、それを.inpで保存。 その後、batmakerを使ってからjobを動かし、出てきた.outをWinmostarの[ファイル]→import→GAMESS→MO から開いてみたのですが、どうにか開きました。 このときに出てきた.outは32KBで、下のほうに正常にGAMESSは終わったという文字はありませんでした。 もうどうしようもないんでしょうか…
お礼
お礼を言っていなかったのをずっとひきずっていたので、ここでお礼を言おうと思います。 遅くなりましたが、いろいろありがとうございました。 つまるところ、私のパソコンではGAMESSを走らせることができませんでした。 またいつか頼りになるときがあるかもしれません。 恐縮ですが、そのときはまたよろしくお願いします。
補足
大変遅くなってすいません。 パソコンを置いたまま研修に行っていたので… batmakerでexam1.inpをとりあえず入れてみて、jobsで動かしてみました。 手順はこれでいいんですかね？ jobsを動かした後、.outが出てきましたが、Winmosterでimportできませんでした。 jobsで画面に表示されたものを下に写します。 Gamess runs on [ユーザー名] using 1 CPU Running exam01.inp ... C:WinGAMESS\temp\exam02.* が見つかりませんでした。 １個のファイルをコピーしました。 C:WinGAMESS/ddikick.exe C:WinGAMESS/gamess.08.exe exam02 -ddi 1 1 [ユーザー名] -scr C:WinGAMESS\scratch ddikick.x:Fatal error detected. （前回のエラーと同じ） unset echo Job exam.inp finished. All jobs processed. と出ました。 tempフォルダの中にexam01.datはあるんですがねぇ。 メモリとかに何の問題があるんだろう...