WinmostarでWinGAMESSがうごかない！

質問

英語が分からず、さらに初心者なのでさっぱりわかりません。

Winmostarはインストール済みで、
Wingamessは解凍し、C\WinGAMESSに入っています。
WinmostarでGAMESSのパスを設定したのですが、
GAMESS start.を押してもうまく計算されませんでした。
下にそのときにでたコマンドを書いておきます。
(多少の写し間違いがあるかもしれません)

C:\winmos3>rem ---GAMESS---

C:\winmos3>echo off
********************
*** GAMESS START ***
********************
C:\WinGAMESS/ddikick.exe C:\WinGAMESS/gamess.08.exe temp -ddi 1 1 (ユーザー名) -scr C:\WinGAMESS\scratch
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc...
ddikick.x will now clean up all process, and exit...
unset echo
EInOutError がモジュール　UNIX2DOS>EXE の 00008E3A で発生しました。
I/O エラー (32)

******************
*** GAMESS END ***
******************

ここまでです。
unset echo が表示されてからしばらくすると
「問題が発生したため、UNIX2DOS.EXE を終了します。」
というダイアログがでます。

スペックは　
Intel Pentium(R)III
Mobile CPU 1066MHz
1.06 GHz, 512 MB RAM

いろんなサイトを見たのですが、全然動いてくれません。
SETとか、何をどういじればいいのかわかりません。
Cygwinとかいうソフトは要るんですか？
よくわからないので、最初からでもいいのでぜひ教えて下さい。

回答No.1

chem-lupin · ベストアンサー

まず、質問を出す前にやってもらいたい事です。補足して下さい。（[この回答への補足]に書いて下さい）
最初にWinGAMESSが正常に動作するかを確認して下さい。exam01.inpからexam43.inpまで、サンプルファイル（入力ファイル）が同包されています。WinGAMESSで直接、これらを実行してみて下さい。実行できなければ、WinGAMESSに原因があります。サンプルファイルの実行の方法は同包ファイルで（英語で）説明されているはずです。GAMESSを使うのであれば、これ位の英語は自分で読んで下さい。
正常に動作していれば、次に、WinmostarでWinGAMESSを制御できるか確認します。この時、先ほどのサンプルファイルを使って実行させて下さい。実行できなければ、パスの設定などWinmostarの設定に問題があります。
表題通り「WinmostarでWinGAMESSがうごかない」のであれば、問題解決の糸口はここまでにあります。結果を補足して下さい。

上記の動作確認をして正常に動いているようであれば、Winmostarを介して、何を計算しようとしたか書いて下さい。
エラーメッセージにもある通り、入力ファイルやハードディスクの容量やメモリ辺りに問題があるとでているので、その内容が判らないと回答のしようがありません。
入力ファイルがtemp.inpであるならば、出力ファイルはtemp.outとなります。エラーがあった場合、出力ファイルはエラーメッセージで終わります。出力ファイルのエラーメッセージが出た箇所以降のメッセージを全て書いて下さい。原因となっている入力ファイルも全文です。($DATA以降が長ければ、原子数と化学式で省略してもいいです)

補足ですが、SETとかは、基本的にユーザーが触れる項目ではありません。WinGAMESSは別途cygwinなしでも動作します。

お礼

お礼を言っていなかったのをずっとひきずっていたので、ここでお礼を言おうと思います。
遅くなりましたが、いろいろありがとうございました。

つまるところ、私のパソコンではGAMESSを走らせることができませんでした。

またいつか頼りになるときがあるかもしれません。
恐縮ですが、そのときはまたよろしくお願いします。

補足

大変遅くなってすいません。
パソコンを置いたまま研修に行っていたので…

batmakerでexam1.inpをとりあえず入れてみて、jobsで動かしてみました。
手順はこれでいいんですかね？

jobsを動かした後、.outが出てきましたが、Winmosterでimportできませんでした。
jobsで画面に表示されたものを下に写します。

Gamess runs on [ユーザー名] using 1 CPU
Running exam01.inp ...
C:WinGAMESS\temp\exam02.* が見つかりませんでした。
　　　　１個のファイルをコピーしました。
C:WinGAMESS/ddikick.exe C:WinGAMESS/gamess.08.exe exam02 -ddi 1 1 [ユーザー名] -scr
C:WinGAMESS\scratch
ddikick.x:Fatal error detected.
　（前回のエラーと同じ）
unset echo
Job exam.inp finished.
All jobs processed.

と出ました。
tempフォルダの中にexam01.datはあるんですがねぇ。
メモリとかに何の問題があるんだろう...

回答No.4

chem-lupin

ANo.3でのエラーの見込みは違っていたみたいです。
大体異常終了してしまう場合、[ERORR]メッセージの一文があり、そこから原因が判ります。
書いてもらった下６行は、対称性までは、読み込んでいるようです。(下５行目までは正常に動いているようです)
この後、座標を読み込むハズなのですが、幾つか座標の書き方のルールをワザと外して、エラーを起こさせて、末尾が同じ様な出力にならないか試しましたが、再現できません。

別の視点で確認が要るかもしれません。
CPUがmobileであったので、個人用のノートPCと思い込んでいましたが、少し確認します。
OSは、何ですか？知りたいのはそのユーザー権限です。私の手許にあるのはXP-Proの管理者権限や、XP-Homeだったりしています。XP-Proの制限ユーザーだと、特定のプログラムしか実行できない制限があったような気がします。例えばLANへのログインができるユーザー権限だと、そのPCでは制限のある制限ユーザーである可能性があります。XP-Home(またはMeや98や95)なら気にしなくて良いですが、XP-Pro(或いは、起動時にパスワードを入力しないといけないWin系のOSなど、2000やNTなど)であれば、実行した時のユーザー権限を教えて下さい。（ユーザー名は今迄通り、明かさないで下さい）
確認は、[コントロールパネル]の[ユーザー アカウント](OSのバージョンによって[ユーザーとパスワード]など若干表現は違うかもしれません)を開くと、[グループメンバーシップ]で[標準ユーザー]、[制限ユーザー]或いは[その他]のどれかに、チェックが入っているハズです。[その他]の場合、その右に更に細かい区分が表示されているので、それを載せて下さい。(ここで、[Guest]や[Users]だとユーザー権限があって、動かない可能性があります)
もし、今迄ユーザー権限が[その他]の[Administrators](管理者)でないなら、この権限のあるユーザー名（PC毎に設定されています）でログインし、WinGAMESSを実行してみて下さい。

ウィルス対策ソフトも確認して欲しいです。私はウィルスチェック後、ネットに繋いでいない（スタンドアローンの）PCへいれてWinGAMESSを実行しています。ネットに繋いでいるPCだと、ウィルス対策ソフトのセキュリティのレベルによっては、実行できるプログラムに制限がある場合もあると思います。その場合、WinGAMESSのディレクトリにある実行ファイルなど(拡張子がexe或いはdllのもの)だけを全て実行できるように設定を変えてみて下さい。（ウィルス対策ソフト名やセキュリティレベルが判るような書き込みは要りませんが、設定上実行できるかどうかだけ確認して下さい。）
あまり、勧められませんが、LAN(或いは電話線)のコードを外して、ネットから切断した後、ウィルス対策ソフトのセキュリティレベルを一番低くするか、ウィルス対策ソフトを終了させて、WinGAMESSを実行して見て下さい。（ネットに再接続する際、セキュリティレベルを戻すのを忘れずにお願いします）ファイルサイズや末尾の出力で結果を確認して下さい。

ユーザー権限もウィルス対策ソフトも原因でないなら、とりあえず、他のexam02～exam43.inpも計算させてみて下さい。
多分すべて正常に計算するか、全て計算しないかのどちらかだと思います。
全て計算しないとなると、WinGAMESSの計算環境を、もう少し突き詰める必要があると思います。
一部だけ計算するとなると、個別に検討・検証が必要かなと思います。

回答No.3

chem-lupin

＞exam1.outなど、ファイルサイズはいずれも7KB程度でした。
大体のエラーの原因が判りました。

GAMESSは元々UNIX上で開発されており、Windows上でも使える様にしたのが、WinGAMESSです。
UNIXとWindowsは、改行コードが異なります。
UNIXは、[LF](Line Feed)、Windowsは[CR+LF](Carrige Return + LF)です。この改行コードがUNIXの[LF]でないと、WinGAMESSで計算できません。
例えば、元々のexam01.inpファイルをエディタやワープロソフトで開いて、上書き保存などをすると、大抵は[LF]が[CR+LF]に置き換わってしまいます。この様にexam01.inpの改行コードを変えて、エラーを起こさせると、7k位のexam01.outファイルが出力されます。
exam01.inpが、他のexam02.inp～exam43.inpと比べて、最近の更新日時だと、この可能性が高いです。

恐らく、exam01.outの下から６行目辺りに、
**** ERROR , NO $DATA GROUP WAS FOUND
と云ったエラーメッセージが出力されていることと思います。

対処は、保存する時に改行コード([改行(LF)]或いは[改行(CR+LF)])を選べるエディタなどで、[LF]を指定して保存し直します。
残念ながら、Windows付属の[メモ帳]や[ワードパッド]には、この機能はついていない様です。
vectorなどで探すと、改行コードを変える機能のついたフリーのエディタがあると思います。
改行コードを[LF]に変更して実行してみて下さい。もし、別の原因の様であれば、[ERROR]が入った１行（ERRORは、ファイルの後ろの方に出るので、[ERROR]以降の最後の数行もあると望ましいです）を補足して下さい。

補足

残念ながら、exam.outの下から６行目に、そのような記述はありませんでした。
代わりに下６行を写します。

THE POINT GROUP OF THE MOLECULE IS CNV
THE ORDER OF THE PRINCIPAL AXIS IS 2
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
----- accounting info -----

とりあえず、vectorでフリーソフトをとってきて、
exam1.inpの改行コードをShift_JIS・ＬＦに変えてみました。
それをbatmakerで処理して、jobで実行しましたが、
でてきたコマンドは変わらず、
また、outの容量・最後の文字列(上に示したもの) は変わりませんでした。

いろいろと迷惑をかけてすいません。

回答No.2

chem-lupin

batmakerで作ったbatchファイル(*.bat)を実行している様なので、それでよいと思います。
Window用のWinGAMESSなので、WordPadなど(Windows付属のものよりもエディタと呼ばれるものを持っているなら、見るのにそっちのほうが良いです。)で、exam01.out(c:\WinGAMESS\testｓ\exam01.inpと同じディレクトリにできていると思います)を開いて見て下さい。53k位のファイルができていると思います。出力ファイル(*.out)はテキストファイルです。
一番下から、１１行目辺りに
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY Fri Aug 22 12:34:56 2008
末尾の日付は計算した日時
と出力されていれば、ちゃんと計算しています。

ここまで問題がなければ、Winmostarを使って、制御してみます。
ファイル(F)->開く(O)で、ファイルの種類を[GAMESS(*.inp,*.gms)]として開きます。
最初に書いた時は、ちゃんとチェックしなかったのですが、(exam.inpファイルの中にも)開こうとして「”は浮動小数点数ではありません」とメッセージボックスの出るファイルはちゃんと読み込めていません。私の手元のものが若干古い組み合わせなので改善されている可能性がありますが、幾つか開けないものもあるようです。(Winmostar側の問題)
開いた後は、計算(C)からGAMESS startさせて下さい。
計算終了後は、同様に出力ファイルの後ろの方に[TERMINATED NORMALLY]のメッセージがあるかどうかで、正常に計算したかの判断をして下さい。

もし、exam01.inpがうまく計算できていなければ、batmakerで作った*.batファイルを一度削除して、もう一度exam01.inpをbatmakerの[Add file to list]で指定して、[Save bat file]で保存してからbatchファイルを実行して下さい。

メッセージの
>Running exam01.inp ...
>C:WinGAMESS\temp\exam02.* が見つかりませんでした。
は、多分ですがexam02.inpのあるディレクトリが"c:\WinGAMESS\tests\"なのでは、ないでしょうか？
（そもそもbatmakerで作ったbatchファイルなら先の行のexam01.inpと次の行のexam02.*が異なるのは、変な気もしますが…。慣れるまではbatchファイルの直接の編集は勧めません）

それと、c:\WinGAMESS\temp\ディレクトリにある、exam01.datは、計算の中間ファイルなので、直接見ても欲しい情報は載っていないと思います。
補足の日時は表示されないので、時間が経っているかもしれませんが、気付いてから即日回答です。試してみたら、結果を補足して下さい。

補足

exam1.outなど、ファイルサイズはいずれも7KB程度でした。
また、wordpadで開いてみましたが、正常にGAMESSは終わったという文字はありませんでした。

なので、*.batを削除してもう一度やってみたのですが、前と同じような.outしかできませんでした。

次に、Winmostarでエタンを作って、それを.inpで保存。
その後、batmakerを使ってからjobを動かし、出てきた.outをWinmostarの[ファイル]→import→GAMESS→MO　から開いてみたのですが、どうにか開きました。
このときに出てきた.outは32KBで、下のほうに正常にGAMESSは終わったという文字はありませんでした。

もうどうしようもないんでしょうか…