個人的には、MTもATも燃費は変わらないと思います。
ただ、MTの方が、急発進、急加速をしない傾向にあると思います。
MTに乗ると、自然とスピード、エンジン回転数、ギヤを意識して走ると思います。
ATだと、スピードだけしか見ない。私が走るところでは、信号が青になったら、皆60km/hまで急加速です。
MTで同じ加速だと、2速ですることになります。当然、エンジン回転数が高くなる&急加速による燃料噴射量増大補正がかかって燃費は悪くなる。
MTに乗ると、ほどほどのギヤの位置で走るようになると思います。高すぎず、低すぎず。それと、エンジンブレーキを意識するというか、アクセル離せばATに比べ減速するが早いです。ですから、運転も車間距離を空けたり、AT以上に遠くの信号や流れを見て運転すると思います。燃費の良い理由だと思います。
重い荷物、でかいトラックなどでは、ATでは無理があるらしいです。
車自体も重いし、さらに重いものを載せる。エンジントルクもかなり強い。そうなるとATより、MTの方が良いらしいと聞いたことがあります。たしか、トルクコンバータ当たりが持たないとか。