瑕疵担保は民法で規定されています。
売買契約の場合は法律の条文には規定がないのですが、引き渡しから１０年で時効になるという判例があり、請負契約では引き渡しから１０年で請求権そのものが失われると法律で決まっていますが、いつまで責任を負わなければならないかという義務自体は存在しません。
だから、契約でその期間を定めることが通常行われており、一般には２年という期間を設けることが多いです（この他品確法により保証対象期間に該当する場合有り）。
２年という期間を定めていると基本的に保証期間が切れていますので、基本的に対象外でしょう。瑕疵担保請求できるのは、契約で定めた有効期限内であるか、そのような特約がない場合です。
また、瑕疵担保は引き渡し時に存在した瑕疵についてのみ保証がされることになりますので、経年劣化や地震などによりできたものは原則保証対象外です。
つまり、質問文にある不具合が経年劣化や台風のようなものにより生じた不具合であるなら、対象外です。
（１）と（２）については、契約と発生原因次第ですが一般的な瑕疵担保契約からでは保証外と考えられますし、劣化によるものの場合であると考えられることから保証外だと思います。
（３）は瓦がとんだ原因が何かによります。台風のような大災害なら対象外です。
一方品確法という法律では、新築住宅に限り構造上重要な部分と雨漏り関係については、売買契約では売り主に、請負契約では施工業者に１０年間の保証義務を負わせています（これも引き渡し時に存在した瑕疵でなければならない）。
（３）と（４）は状況によっては品確法の対象になる場合があります。ただし、品確法の保証範囲も劣化や自然災害によるものの場合は対象外ですので、不具合の原因が引き渡し時に存在した欠陥により引き起こされたものであることが証明できれば、保証対象となります。
（例えていえば、台風で瓦が飛んだ場合は保証外ですが、取り付け方法が悪かったためとんだ場合は保証対象になります）
まとめて言うと全部対象外の可能性が高いですが、状況によっては（３）と（４）は状況と原因により対象になる場合があると思われます。
