> 給付は在職時の会社から給料明細に似たものが送られてきて給付されるものなのか？
『診療報酬明細書にもとづき・・・ 手続きは自動的に計算され給付されるので不要です。』というところを見ますと、
おそらく健康保険証の保険者は健康保険組合だと思われます。
健康保険組合によっては、高額療養費の申請手続きをしなくても健康保険組合でレセプト（診療報酬明細書）に基づいて高額療養費自動計算し、前もって登録してある被保険者の金融機関に振り込んでくれるという親切なシステムを採用しているところがあります。
その場合給付があれば事前に本人宛に必ず通知はあります。
ただし、高額療養費は支給されるまで3～4ヶ月と日数が掛かる上、支払額が高額ですから、念には念をいれて健康保険組合にご確認されたほうがよいです。
> 高額療養費の算定には個室代等は含まれるのか？
> あと、通常出産であれば本来自己負担となる分娩費等は該当するのか？
高額療養費の医療費負担額の計算は「同一診療月ごと」「同一医療機関ごと」「入院、通院ごと」に分けて計算をします。
（注）保険適用しない治療費や入院時の食事代、差額ベッド料、診断書などの文書料等が適用外なので除く。
個室やの窓口で支払った7/1分は除いて計算します。
高額療養費は暦月の月単位で計算しますから、7/1分は7月の対象になります。
> 実際はレセプトは自己負担になるものと社保のものと別々になってました。
レセプト（診療報酬明細書）はあなたが直接目にされることはありませんから、医療費請求明細書だと思われます。
実際見ていないので断言まで出来ませんが、あなたのいわれる「自己負担」は上の（注）書きの保険不適用ものと思われます。
あなたが「社保のもの」といわれているものがおそらく保険適用分（3割負担）だと思われます。
その保険適用分（3割負担）だけが高額療養費の計算の対象になります。
したがって病院の窓口で支払った540,100円すべては対象になりませんのでご注意ください。
> 支払額を元に仮計算したら、139,800-0.1×(540,100-466,000)=147,210となり、
540,100-147,210=392,890も給付されるのかなと思いまして…
> 診療報酬明細書にもとづき本人負担額の上限は139,800+(医療費-466,000)×1%を超えた分を給付
計算式を勝手に変えては正しい給付額が求められませんよ。
下記の高額療養費はお嫁さんの標準報酬月額が56万円以上の場合です。
しかし、任意継続ですと標準報酬月額の上限があります。仮にお嫁さんの在職中の標準報酬月額が56万円以上の場合であっても標準報酬月額の上限に下がりますから計算式もかわってくると思われます。
健康保険証の保険者にもう一度お確かめください。
（例）入院して窓口で支払った保険適用分が15万円（総医療費50万円の3割負担）の場合
【高額療養費の計算例】
※ 保険適用分15万円÷3×10＝総医療費50万円
◎負担限度額とは
139,800円に、総医療費から466,000円を引いた額の1パーセントを加算した額です。
139,800円＋（総医療費50万円－466,000円）× 1％＝自己負担限度額140,140円
◎「高額療養費」としてもらえるのは
保険適用分15万円－自己負担限度額140,140円＝高額療養費9,860円となります。
『高額療養費計算フォーム』
http://www.enjoy.ne.jp/~h.simizu/kouform2.html
【標準報酬月額が56万円未満の場合】
・高額療養費の計算式は
72,300円＋(総医療費－241,000円)×1％ ＝自己負担限度額
保険適用分－自己負担限度額＝高額療養費 となります。
上記の【高額療養費の計算例】と同じようにこの計算式に当てはめて高額療養費を求めてみてください。
お礼
詳細な回答、本当にありがとうございました。 嫁の健康保険は健康保険組合のものです。 また、私が確認したものは医療費請求明細書でした。 これに基づいてcherry_tomato様の言われるように計算してみます。 重ね重ねありがとうございました。