全般に質問の内容が回答しにくいほどに具体性を欠いていると思います．医療のシステムをどの程度ご理解された上での質問なのでしょうか．私の回答が的外れなら補足してください
＞たとえば病院と薬局の関係はどのような関係でどちらが立場が上なのですか。
院外処方の場合建前論で言えば，病院は処方箋を発行した時点で利益を確保しています．患者に処方薬局を選択する権利があります．その際に誘導することもできると言う意味では病院の立場が上ともいえますが，大部分の患者は自分にとって利便性の高い薬局を選択します．病院も薬局も報酬は規定で定められているので一定です．患者さんに迷惑にならない程度には連携をとる必要があるのはもう利益以前の問題です．
院内処方の場合，そもそも薬局は関与しません．
＞病院と医師会の関係は?
近年は病院も診療所（クリニック）も医師会に加入しない（する義務も無い）施設が増えています．
医師会に加入すると多少の仕事の紹介や周辺施設との親睦というメリットがある一方で少なからぬ入会金・年会費を取られます．
＞患者の治療より(中途半端な薬を処方し)慢性患者を増やすことに力を入れ売り上げ向上を狙っているのは本当ですか。
そういう施設もどこかには存在するとは思います．その一方，近年の医療報酬制度の改定は慢性疾患の管理報酬を甚だしく削減しています．そもそも治そうと思えば治るような病気は急性期（自覚症状が強い時期)を過ぎれば何もしなくても通院の必要がなくなる場合がほとんどです．治ったものは治ったというメリットも医療施設側には少なからずあるのです．
その一方，糖尿病・高血圧など最初から自覚症状がほとんど無いが慢性的に通院・治療を続けなければえらいことになる疾患もまた非常に多い．
この辺の区別については医師が患者に充分に説明をしているならば，後は患者の自覚と自己責任の問題ということになるでしょう．
いずれにせよ，通院を続けるか否かという選択権，病院や診療所を選ぶ権利は常に患者側にあります．変な診療を続ける事自体が長期的に見れば経営のデメリットがあることを自覚している施設の方が大多数だと思っています．
お礼
ありがとうございました。