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水素結合の角度・距離
タンパク質の構造解析をしているのですが、分子内部の水素結合を確認する際に、水素結合の有無を原子間距離で判断していたのですが、(側鎖の)角度に判断基準はあるのでしょうか。ご教示よろしくお願いいたします。また、参考になりますURLなどございましたら、併せてよろしくお願いいたします。
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noname#62864
回答No.2
補足です。 水の場合の「O-H・・・O」のOとOの距離は、2.76オングストロームであり、ペプチドの「N-H・・・O」のNとOの距離は、2.76オングストローム程度のようです。 ただ、No.1であげました参考URLによりますと、水素結合の有無について明確な線引きは難しいようですが、2.90-3.20オングストローム以下であれば、明確に水素結合があり、3.6オングストロームあたりまでは、弱いかも知れないけども水素結合を考えても良いという見解のようです。
noname#62864
回答No.1
Paulingによれば、水素結合の結合角（たとえばN-H・・・Oの結合角：・・・は水素結合）は、180度前後であるとされてきました。 しかし、参考URLによれば、タンパク質のα-へリックスを考える場合には正しくないそうです。具体的には85度から 175度の範囲になるそうです。 タンパク質などの高分子では、その構造上の制約から水素結合の角度が大きくずれてくることもあるようです。 ところで、私の回答が「(側鎖の)角度」の意味を取り違えていないか、少し心配です。
補足
お答えありがとうございました。α-へリックスでは水素結合の角度に幅があるのですね～。こちらの質問が少し悪かったみたいですので補足いたします。酵素分子中で、私のケースでは基質がいくつかのアミノ酸残基と水素結合を作っていそうなのですが、水素結合だと判断する際に、距離だけで判断してよいのかなとふと疑問に思いまして、ご質問いたしました。判断基準などございましたらよろしくお願いいたします。