振動が激しいとのことですが、クランクの芯がぶれていてそのような症状が起こるとは考えにくいです。通常原付などのクランクシャフトは一体式のものが多く、クランク自体の芯が狂うなどということはないはずです。確かに大型のエンジンではクランクウエブとピン・ジャーナルというように組み立て式のものもありますが、それでも狂うなどということはまずありません。
振動の原因としてはクランクなどのアンバランスよりむしろエンジンの調整不良によるアイドリング回転の調整不良や燃焼が不安定で起こる場合がほとんどでしょう。
これらの問題の解決策としてはキャブレターや点火時期、バルブタイミングなどをしっかり規定値に調整することの方が先ではないでしょうか。
ちなみに一体型のクランクの芯出しはジャーナルやピン部分を研磨して行うしか方法がありませんので、電気鋳造による肉盛りのあとに行うことになり、新品のクランクシャフトのほうが安くなるでしょう。したがって小型(バイクや自動車程度のエンジン)エンジンでは通常行うことはありません。
原付でも一部組み立て式のクランクのものがないでもありませんが、これが狂うことはほとんど考えられませんし、この場合でも新品のクランクシャフトのほうが調整を取るより安いでしょう。
ダイナミックバランスをとるというなら、まだ、話はわかりますが、このバランス取りも低回転時の振動をなくすというより高回転時のロスをなくす目的で行うことがほとんどでしょう。
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