複数のタンパク質に共通する特徴の調査項目を教えてください

質問

初めて質問させて頂きます。
私はこれまでタンパク質を扱ったことが無いため，タンパク質情報の一般的な調査方法を知りません。

現在のところ，数千のタンパク質群から，あるＰＣソフトによってある特徴を持つタンパク質を３０に絞りました。
これらについて，さらに共通する特徴を調べ，実験を組んでいこうと思っているところです。
現在，３０タンパク質に対して調べている調査項目は，
１．NCBIで提供されている情報（MeSHなどで，もちろんPubMedから論文検索もしています）
２．プロモーターや転写因子
から共通点を探しています。
わずか３０タンパク質なので，一つ一つ調査しています。

そこで質問ですが，この他に共通点を探すための調査項目を教えて頂けないでしょうか（お時間があれば，調査手法も教えてください）？
よろしくお願いします。

回答No.1

methyl

質問についていくつか不明な点があるのですが、察するに実験をする前にデータベースなどだけで調べられる手法があるかどうかということなのでしょうか？
どのようなタンパクを調べるかがわからないと何とも言えないのですが、一般的にはPfamなどのモチーフ検索をできるサイトにて、重要なモチーフが共通しているものを探すことではないでしょうか。（モチーフのわかっていない新規タンパクだと無理ですが，，，）

補足

ご返答ありがとうございました。レスが遅くなりすいません。methylさんのおっしゃる通りです（ところでPfamとは何でしょうか？）。
　もう少し詳しく申し上げますと，これまで無実験という事ではなく，実験と解析ソフトによって３０タンパク質に絞っています。つまり，これまで何の関連性も無かった３０タンパク質が，ある疾患に強く関与しているといった具合です。
　以上，よろしくお願いします。