えっと、、
「アフィリエイト」ってWebサイトやメールマガジンなどが企業サイトへリンクを張り、閲覧者がそのリンクを経由して当該企業のサイトで会員登録したり商品を購入したりすると、リンク元サイトの主催者に報酬が支払われるというインターネット広告です。
広告配信システムってご質問者様が思っているのは、「インターネット広告」配信システムのことですよね。
「アフィリエイト」もインターネット広告配信システムの一種ですよ。
まあ、技術的には多少の違いはありますが、既存の大手「アフィリエイト」ASPのインターネット広告配信システムでは実は「クリック」報酬も「表示回数」報酬も設定することはできますよ。
> アフィリエイトシステムと広告配信システムのどちらを構築してシステム運営した方
> が将来性があるのでしょうか?
なので、以上のことはビジネス的にも技術的にも愚問だと思われます。