質問文が簡潔すぎて状況が分からないので、そこから読み取れる範囲での一般論での回答になります。
前提として、質問者さんの配偶者(以下、配偶者とする)が別居して家から出て行ったとします。
まず、夫婦は同居の義務があります。
「夫婦は同居し、互いに協力し扶助しなければならない。」(民法第752条)
また、同居/別居にかかわらず、婚姻期間の費用は分担する義務があります。
「夫婦は、その資産、収入その他一切の事情を考慮して、婚姻から生ずる費用を分担する。」(同第760条)
「悪意の遺棄」とは、752条の同居義務違反を悪意を持って行った場合、または760条の婚費を分担しない場合に該当します。
従って、「同居義務違反」は配偶者が質問者さんに対して行っていることになり、「婚費を分担しない」のは質問者さんが配偶者に対して行っていることになります。
質問者さんが(結果的に)行っている悪意の遺棄を成立させないためには、婚費の分担に応じる姿勢がある証拠を作ることです。
例えば、配偶者に対して「婚費を分担するので受け渡し方法や振込先が知りたい。連絡するように」というような内容証明郵便を送付するなどが該当するでしょう。
これにより、質問者さんは積極的に悪意の遺棄を解消しようという姿勢を見せたが、配偶者が一方的に拒否したという証拠ができます。
これにより、悪意の遺棄を行っているのは配偶者のみであると主張する根拠ができます。
但し、今回の別居が「婚姻関係継続のため、半年は別居する。期間満了後にお互いに話し合いを行う」というような合意があって開始されていた場合などは、配偶者の悪意の遺棄とは言えないかもしれません。
質問者さん側にも細かい事情があるでしょうから、お近くの弁護士に相談してアドバイスを受けておいた方がいいでしょう。(30分5000円くらいです。)
お礼
ありがとうございます。 その通りにしたら返答がありました。。