全くの無知とのことですので基本の基本をお答えします。
貴方が住宅に何を求めるかで話は変わってきます。
住宅を建てるには大きく分けて２つの方法があります。
(1)施工会社による設計→工事契約（価格交渉は建築主が行なう）して施工
(2)施工会社とは無関係な設計事務所による設計→施工業者の選定（同じ設計で複数業者間での価格の比較）→工事契約して施工
(1)は施工会社との確たる信頼関係があり建築主が有利に価格交渉でき、業者任せの設計内容に一定の判断力をもっている場合はメリットがあります。
(2)は信頼できる設計事務所にあたれば建築主の立場で好みの設計で有利な価格交渉ができ、クレームなどの問題解決も建築主の立場で、設計事務所が責任を持って専門的立場で対応します。（まともな業者にとって設計事務所の信頼を勝ち取れば営業上大きなプラスですから対応も真面目です。）
御質問のＨＭも工務店も(1)の範囲です。
（品質）
住宅の施工はＨＭ工務店を問わず、元請け（工務店、ＨＭ）→下請け→孫受けという重層的な生産構造になっています。最近は一般の工務店、職人もＨＭの下請けの仕事も手がけている場合が多く見られ、工務店もＨＭの技術を学んで高めています。
従ってまともな工務店なら技術品質管理にＨＭとの大きな差は見られません。（無論当たり外れはどちらにもあります。）
（長期保障）
住宅はすべて、瑕疵担保保険加入が法律で義務化されています。アフターサービスは一概にはいえません。個々の施工者の体質しだいです。
（価格）
設計内容が同じなら、設計監理、施工管理、施工手間、材料、安全管理、会社の事務経費などは共に同じように掛かります。ＨＭは営業経費割合が大きくその分大量仕入れで材料コスト割合を下げています。（勿論見積書では実態は分らないようにしてあります）ごくオーソドックスな間取り、最低限で手間が掛からない仕様で、ウルサイ事は言わないのならＨＭが若干安い場合が多いでしょう。
（完成保障）
契約してお金を払って完成前に会社が倒産することもあります。工務店の場合、支払いは契約時1/3、上棟時1/3完成時1/3が多いですが、契約時ゼロ、あとは毎月出来高の90％程度の分割払いにすると倒産しても安心です。（見積明細書と設計事務所の助言が必要ですが、ローンの貸付が確定していればまともな業者ならコネが無くても零細でもついてきます。ＨＭは社内の契約マニュアルどうりで対応出来ない場合が多いです。）
（設計）
設計にかける手間は 設計事務所>工務店>ＨＭ この辺は貴方のライフスタイル、敷地条件の問題もあります。設計に手間をかければ貴方の要求に近づくことは言うまでもありません。
（知合いか、友達か）
知人を信頼する事と、知人の属する組織（工務店、ＨＭ）を信頼する事とは別の事です。コネも相手が組織内で組織を動かす大きな権限を持っていなくては意味がありません。会社本位で判断すべきです。
◎私なら（もし、予算に限りがあっての木造住宅の場合の参考意見ですが・・・・）
・デザインはあまり凝らない（ほどほどに・・・但しカラーコディネートはしっかり）
・耐久性、耐震性重視（外壁カラーガルバ、屋根には庇を、土台、床下は全て檜またはヒバ、耐震耐風等級２以上、入念な地盤補強）
・間取りはライフスタイル、敷地条件を徹底的に考慮して・・・・
これ等の条件で信頼の置ける設計事務所に7％程度で設計監理を依頼、（デザインにあまり凝らなければ7％で充分）信頼の置ける施工業者数社で見積もり合わせ（または入札）。工事費支払いは見積明細を基に出来高90％数回の分割払い。
公共工事と似たようなやり方になります。
