HDDのシステムパーティション

質問

先日自作PCをつくりHDDはSATAとATAを繋いでいます。
OSはwindows7です。
SATAのHDDは1TBでOSが入っています。
ATAのHDDは古いPCので160GB(データ用)です。
2つのHDDはともに初期化して紹介の通りSATAのHDDにOSを入れました(パーティション分割なし)。
この構成で問題なく動いてきましたが、今日ATAのHDDを取り外そうと思い、取り外してPCをつけてみたら、BIOS画面でinvalid system disk. Replace the disk, and then press any keyと表示されます。
ネットでいろいろ調べてみましたが、フロッピー,HDDの認識はちゃんとしています。
再びATAのHDDを取り付けたところ、読み込まずBIOS画面でとまります。試しにwindows7のインストールディスクでATAのHDDにインストールして再起動したらブート画面に行き、SATAとATA両方のOSの選択ができるようになりました。windowsの管理ツールでみてみると、SATA(C)の方がブート,ページ,ファイル,クラッシュ,ダンプ,プライマリ パーティションと表示されておりATA(E)がプライマリ パーティションとドライブ文字なしの100MBシステム,アクティブ,プライマリ パーティションと書いてあります。100MBのシステム パーティションをSATAのほうに移せれば大丈夫だと思うんですがどうなんでしょうか？
おそらく最初にosを入れたときからシステムパーティションはataのほうにあったんだと思います。
ATAのHDDをフォーマットしてもシステムパーティションは消えません。
SATAのデータは無傷で何とかならないでしょうか？
どうにかして、このATAを生きたまま取り出したいのですがどうすればよいでしょうか？
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回答No.1

Pcojin

今、起動する状態なんですよね？
だったら、
(1)必要なデータを、すべてATAのHDDに移す。
(2)ATAのHDDを外して、SATAのHDDをフォーマットして、OSをクリーンインストールする。
(3)再度、ATAのHDDをつける。（ここにOSが入っていても、問題ない。）
(4)必要なデータをSATAのHDDに移す。
(5)ATAのHDDをフォーマットする。

以上で、OKだと思うけど？

補足

SATAのデータはATAには収まらない容量です。